Изоплат размеры листа: Ветрозащитная плита Изоплат 12 мм

К деревянной стене (брус и т.п.) листы прибиваются. Схема крепежа гвоздями соответствует схеме крепежа к каркасной конструкции (обрешетке).

Крепление к каркасной конструкции плиты ISOPLAAT Изоплат (обрешетке).

На поверхность со значительными неровностями лист Изоплат ISOPLAAT устанавливается на каркасную конструкцию (обрешетку) из деревянного бруса не менее 50х45 мм. Крепеж осуществляется оцинкованными гвоздями (длина зависит от толщины листа) либо строительными скобами. Шаг обрешетки (межцентровое расстояние) не более 300 мм для листа толщиной 12 мм и не более 600 мм для листа толщиной 25 мм. По периметру листа гвозди прибиваются через каждые 100-150 мм, внутри листа через 300 мм. Отступ от края листа 10-20 мм.

Подготовка панелей ISOPLAAT к конечной отделке.

Для маскировки стыков вдоль них с помощью наждачки делаем небольшие углубления (пазы), глубиной в несколько миллиметров и шириной (обоюдной)5-6 см. В нем крепится армирующая лента. И сверху это все шпаклюется заподлицо. Также прячутся шляпки гвоздей, скобки и пр. шероховатости. Внешняя сторона листа гладкая – в дополнительном выравнивании не нуждается. Поэтому плотные многослойные обои можно клеить вообще «наголо», а для покраски или штукатурки желательно обезжирить и загрунтовать.

Видео. Финишная отделка плит изоплат под обои.

Как отличить настоящий финский ISOTEX от подделок?

У настоящего Изотекса существует широкий ассортимент плит различного функционального назначения. Но панели, использующиеся для внутренней отделки (декоративные) имеют специальные крепления шип-паз, позволяющие намного облегчить установку и улучшить внешний вид монтажа.

Инструменты, необходимые для работы с плитой ИЗОПЛАТ:

• острый строительный нож;
• линейка;
• угольник.
• для обработки плиты подходят все деревообрабатывающие инструменты

Параметр	Ед. измерения	Характеристика
Толщина	мм	12 / 25
Ширина	мм	1200
Длина	мм	2700
Плотность	кг/м³	не менее 230
Плит в паллете	шт.	90 / 45
Коэффициент звукоизоляции воздушного шума Rw (ISO/DIS 717-1.2:1996)	дБ	23 / 26
Теплопроводность	Вт/(м·К)	0,045

Ветрозащитная плита Изоплат 12 мм — Izoplat.ru

Скандинавская ветрозащитная плита ISOPLAAT 12 мм – это влагостойкая древесноволокнистая плита, изготовленная «мокрым способом» без добавления клея и других синтетических смол. Формат листа: 2700х1200 мм. Кромка прямая. 3в1: утеплитель высшей категории, ветрозащита и звукоизоляция.

Для наружных работ. 100% натуральный материал. Предотвращает выстужание дома из-за продувания ветром. Одновременно с этим служит ограничителем и защитой для  мягких и сыпучих утеплителей.

Ветрозащитные плиты Изоплат используются в конструкции наружных стен, потолков и крыши как ветрозащитный, утепляющий и повышающий жесткость элемент. Это на 100% натуральный материал, поэтому придпочтителен при современном домостроении.

В домах с наружным утеплением ветрозащитная плита несет еще одну немаловажную функцию — защита утеплителя от внешних воздействий. Впрочем, наружное утепление — наилучшее решение для любого жилого дома, будь он срубом или каркасником, каменным или брусовым. Поэтому применение ветрозащитной плиты становится просто необходимостью при строительстве дома для круглогодичного проживания.

Если вы используете ветрозащитную плиту, отпадает необходимость в применении ветрозащитных пленок, плита к тому же является ограничителем и несущим элементом для утеплителя. Ветрозащитные плиты закрывают снаружи все щели и трещины, разрывая при этом мостики холода (щели между брусом, огрехи кирпичной кладки, стыки стен с оконными и дверными проемами).

Применение натурального утеплителя Isoplaat

Натуральные утеплители торговой марки Изоплат представляют собой экологически чистые плиты, предназначенные для организации отличной теплоизоляции, ветрозащиты и звукоизоляции жилых и коммерческих помещений.

Ветрозащитные плиты Isoplaat завоевали большую популярность среди застройщиков, благодаря своим достойным свойствам. Натуральный утеплитель обладает пористой структурой, высокой прочностью, плотностью и влагостойкостью.

Правильное использование Ветрозащиты Изоплат позволяет получить теплые, дышащие и звуконепроницаемые конструкции полов, стен и потолков в любом загородном доме, коттедже или городской квартире. Натуральный утеплитель с высоким показателем звуконепроницаемости и теплостойкости обеспечивает жилищу тепло и акустический комфорт.

Ветрозащита Изоплат используется в строительстве для отделки внутренних стен деревянных и каменных жилых домов, балконов и лоджий, акустических студий и коммерческих помещений.

Широкое применение стройматериалов торговой марки Isoplaat обусловлено тем, что  ветрозащитные плиты – эффективные, экологически чистые, надежные, легкие в монтаже и малобюджетные.

Свойства плиты Изоплат 12 мм:

— надёжная теплоизоляция

— дополнительная звукоизоляция

— герметичность

— экологичность

— простота монтажа

Узнать более подробно

ISOPLAAT 12 mm | низкая цена в Москве

Звукоизоляционная плита, произведенная непосредственно из экологично чистейшего материала: хвойного дерева. Структура тепло- звукоизоляционной плиты ISOPLAAT, как у войлока. Ворсинки дерева скрепляются меж собой за счет смолы и трения. Софтборд – плита из мягкого ДВП изготовлен из вторичного сырья деревообрабатывающей индустрии. Плита ISOPLAAT не опасна для детей, аллергиков, астматиков, так как при производстве плит применяют только горячее прессование и сушение.

Отделочный многофункциональный и звукоизолирующий материал, который используется с целью усовершенствования звукоизоляционных качеств. Ставят как непосредственно на стены, потолок и пол, так и на каркасную профильную систему. Плита ИЗОПЛАТ (ISOPLAAT), толщиной 12 мм подойдет под всевозможные способы конечной отделки: декоративная штукатурка, оклеивание обоями, окрашивание. Плита может впитывать воду (вплоть до 20% своего объема) без изменения своих шумоизоляционных качеств.

Isoplaat нужно перед монтажом выдержать на протяжение 3-х суток в комнате с таким же уровнем влаги, как в помещении, куда будут поставлены плиты Изоплат. Плиты крепят к деревянным системам с помощью строительных скоб либо гвоздей, шурупов. Для плит толщиной 12 мм шаг обрешетки никак не больше 300 мм.

Древесное хвойное волокно

Длина листа: 2,7м.
Ширина листа: 1,2 м.
Толщина листа: 1,2 см
Брутто листа: 9 кг

Коэффициент звукопоглощения 23 дБ.

Написать отзыв

Внимание: HTML не поддерживается! Используйте обычный текст!

ИЗОПЛАТ | ISOPLAAT | NORD ELEMENT

Общие сведения о плитах Изоплат

ISOPLAAT – бренд крупнейшего скандинавского концерна SKANO FIBREBOARD, производителя древесноволокнистых плит под брендами: ISOPLAAT, RUNKOLEIJONA, TUULILEIJONA, LATTIALEIJONA.

ISOPLAAT (ИЗОПЛАТ) – это мягкие древесноволокнистые плиты открытой диффузии, изготовленные «мокрым способом» без добавления клея и других химических связующих. В виде сырья используется только древесина хвойных пород, богатая лигнином.

В процессе производства щепу размалывают до состояния волокна (фибры), смачивают в водяной или водно-парафиновой ванне, затем полученная масса укладывается в виде «ковра» и подаётся под горячий пресс, где лигнин «склеивает» древесные волокна. После формования плиты поступают в горячую сушильную камеру. В состав не добавляется химических связующих, клея или смол. Плита получается достаточно плотной, чтобы служить в качестве обшивки, основы под обои и при этом достаточно пористой, чтобы утеплять на уровне лучших теплоизоляционных материалов и эффективно снижать воздушный и ударный шум самостоятельно и/или в каркасной и бескаркасной конструкциях. Хвойные древесные волокна обладают способностью накапливать большое количество тепла (природный аккумулятор) и регулировать влажность в помещении, что создаёт «эффект деревянного дома», благоприятную атмосферу и чувство комфорта.

Преимущества плит Изоплат

• Паропроницаемая наружная и внутренняя обшивка.
• Теплоизоляция на уровне утеплителей высшей категории.
• Энергоемкость выше обычных утеплителей.
• Эффективная защита от воздушного и ударного шума (от -23 дБ).
• Ветронепроницаемые свойства.
• Листовой материал без риска расслоения, разрыва и усадки изоляционного слоя.
• Устойчивость к атмосферной влаге и ультрафиолету (ветрозащитные и универсальные плиты).
• Натуральный природный материал без содержания клеевых смол.

Плита для ремонта Изоплат Мастер ЭКО 10 мм

Плита для ремонта ISOPLAAT Master ECO 10 mm – это влагостойкие тепло- и звукоизоляционные древесноволокнистые плиты малого формата в удобной полиэтиленовой упаковке. Легко помещается в легковой автомобиль и в лифт, легко выполнять все работы одному человеку. Может применяться для обшивки или изоляции внутри и снаружи. Подходит для ремонта квартиры, дачи и загородного дома.

Толщина 10 мм. Формат листа 1200х600 мм. В упаковке 10 шт., 7,2 м2.

Применение плиты для ремонта Изоплат Мастер ЭКО 10 мм:

• Звукоизоляция внутренних стен, пола и потолка.
• Выравнивание и утепление стен под последующую оклейку обоями.
• Подложка тепло- и звукоизоляционная как при устройстве «плавающей стяжки», так и при укладке паркета или ламината.
• Используется во всех строительных, каркасных и бескаркасных звукоизоляционных конструкциях в качестве звукопоглощающего и демпфирующего элемента под ГКЛ, ГВЛ, ОСБ для усиления звукоизоляционных характеристик стен и потолка.
• Наружное утепление и ветрозащита деревянных и каменных стен, фронтонов и щитовых конструкций.

Ветрозащитные плиты Изоплат

Финны — эксперты в области каркасного домостроения выбирают ветрозащитные плиты, изготовленные без клея «мокрым способом», так как они выдерживают скандинавские более холодные зимы и прошли проверку временем. При выборе строительных материалов стоит доверять опыту наших соседей, ведь у нас такой же холодный и влажный климат.

Толщина 12, 18 и 25 мм. Формат листа 2700х1200 мм. Кромка прямая.

Ветрозащитные плиты Изоплат пропитаны парафином для защиты от атмосферной влаги. Каждый древесный волосок покрыт тонкой плёночкой. Плиту можно устанавливать любой стороной наружу. Торцы плиты дополнительно защищать от влаги не требуется. Парафин прозрачный.

СПРАВКА

Зеленый цвет — это не пропитка, а чернила только для маркировки.

Отсутствие клея и синтетических смол является отличительной особенностью, благодаря чему Изоплат при увлажнении в холодном климате не расслаивается и сохраняет свои свойства. Имеет отличную паропроницаемость. Зимой, во время прохождения через плиту водяного пара происходит частичное намокание волокон и их незначительное расширение. Если бы волокна были бы жестко связаны клеем или смолой, то тогда при расширении волокон возникали бы микроразрывы, так как клеевая смола не меняет свои жесткие связи. Такие риски могут иметь место, например, с плитами, изготовленными с клеем «сухим способом», которые предназначены для  более мягкого климата центральной Европы. При использовании ветрозащитных плит Изоплат отсутствует риск разрывов ветрозащитного слоя (как при использовании пленок), просадки утеплителя и образования плесени.

Сочетает целый комплекс функций: ветрозащита и паропроницаемость, теплоизоляция и звукоизоляция, аккумулирование тепла и защита от летнего зноя, открытая диффузия, дополнительная  жесткость для каркаса, эластичная основа под штукатурку.

В качестве наружной обшивки стен каркасного дома, на месте ветрозащитного слоя в многослойной каркасной конструкции под вентилируемый фасад (блокхаус, финская вагонка и пр.). Дополнительно утепляются деревянные стойки каркаса. Для выполнения таких задач подойдет плита толщиной 12 мм.

Плита толщиной 25 мм придает конструкции дополнительную жесткость, Эффективно утепляет не только стойки, но и всю ограждающую конструкцию. Применяется, когда стоит задача построить энергоэффективный дом. Заменяет перекрестное утепление. Заменяет так называемую классическую западноевропейскую схему: ветрозащитная пленка + ОСП + пенопласт.

Так же плита толщиной 25 мм подходит под фасадную штукатурку, например BAUMIT StarContact.

Изоплат может служить наружным утеплением деревянного дома. Деревянные стены получают гомогенную теплоизоляцию и герметичную ветрозащиту без необходимости установки обрешетки. Не требуется пароизоляция. Сохраняется эффект деревянного дома.

А также в качестве наружного утепления каменного дома из кирпича, газобетона и пр. Сохраняется паропроницаемость стен. Более тонкое решение.

Универсальные плиты

По своим свойствам и функциям универсальная плита аналогична ветрозащитной.

Отличие заключается в наличии у универсальной плиты «шиповоной» кромки или шип-паз. Благодаря этой особенности плиты гораздо легче монтируются и стыкуются друг с другом.

Толщина:    25, 50 мм.  /  Вес: 6, 12 кг.

Универсальную плиту в отличии от ветрозащитной можно использовать на крышах под кровлю для утепления и придания жёсткости конструкции.

Теплозвукоизоляционные плиты

Теплозвукоизоляционные плиты Изоплат являются универсальным теплоизолятором высшей категории на уровне минерально-волокнистых утеплителей. Подходят для стен, пола и потолка.

Одна сторона листа гладкая – под чистовую отделку. Это отличительная особенность от плит других марок.

Теплозвукоизоляционные плита Изоплат – это листы форматом 2700х1200 мм, толщиной 10, 12 и 25 мм.

Тепло-звукоизоляция Изоплат применяется в помещениях с сухим и нормальным уровнем влажности, в квартирах, домах постоянного и сезонного проживания. В качестве отделки (обшивки) стен, в качестве подложки под ламинат, в качестве звукоизоляции под стяжку, для звукоизоляции потолка в различных конструкциях, требующих повышенных свойств и/или минимальной толщины. Работать с листовым материалом легко и просто: гвозди, скобы, клей – как с фанерой.

Плиты Изоплат применяются в многослойных конструкциях в качестве звукопоглощающего мягкого слоя или подкладочного материала в комбинации с жесткими звукоотражающими листами (ГКЛ, КвикДэк и пр.). Это делается для того, чтобы повысить эффективность звукоизоляции и для уменьшения толщины изоляционной конструкции. Так как Изоплат и ГКЛ листовые материалы, то можно обойтись без каркасной конструкции, сэкономить внутреннее пространство помещения, не снижая эффективности изоляции. Используются также для поддержки мягких волокнистых утеплителей.

СОВЕТ

Изоплат – полезная альтернатива гипсокартону, ОСП, фанере и другим листовым материалам.

 Почему Изоплат – «полезная альтернатива»?

1. Создает акустический комфорт. Пористая волокнистая структура плиты обеспечивает эффективную звукоизоляцию. Улучшает акустику внутри помещения (отсутствует эффект эха). Изолирует от воздушного и ударного шумов снаружи.
2. Регулирует микроклимат в помещении. Плита «дышит», то есть способна вбирать в себя излишнюю влагу из помещения и отдавать ее обратно, когда из-за отопительных приборов воздух в помещении становится сухой. Предотвращает образование конденсата, а значит плесени, которая вызывает различные заболевания и ослабляет иммунитет. Тем самым плита создает здоровую среду проживания.
3. Плита не содержит клея и никаких химических примесей.
4. Удерживает тепло зимой и прохладу летом. Плита Изоплат обладает высокой энергоемкостью. Аккумулируя тепло, плита способствует поддержанию постоянной температуры в помещении, равномерно распределяет тепло, не позволяет дому быстро остывать зимой и нагреваться в жару.
5. Благодаря способности «дышать» и регулировать температуру, плита достигается»эффект деревянного дома», что особо актуально для загородного проживания.

Теплозвукоизоляционная плита Изоплат, как и другие листовые материалы, подходит под любые способы финишной  отделки: оклейка обоями, покраска, декоративная штукатурка. Благодаря способности впитывать и отдавать влагу («дышать») теплозвукоизоляция Изоплат наилучшим образом подходит для отделки дачи и дома сезонного проживания. Древесные волокна, из которых состоит плита, по своей структуре и способности реагировать на влагу напоминают войлок. Плита способна впитывать влагу (до 20% своего объема) без изменения своих геометрических размеров и изоляционных качеств. В результате нет трещин и конденсата. При важном условии! На время «зимовки» в доме обеспечено постоянное проветривание.

Для быстрого ремонта достаточно зашпатлевать только стыки плит и шляпки гвоздей. Затем поверхность грунтуется двойным слоем клея для обоев. После чего обои приклеиваются обычным методом.

ВАЖНО

ВНИМАНИЕ ! ПЛИТУ НЕ ГРУНТОВАТЬ ОБЫЧНЫМИ ГРУНТОВКАМИ:   ПЛИТА ПЕРЕСТАНЕТ «ДЫШАТЬ».

Для достижения наилучшего результата потребуется применить стандартный метод подготовки листа к финишной отделке. Всю поверхность листа прошпатлевать, затем загрунтовать водоэмульсионной краской. А затем уже подготовленную таким образом поверхность оклеивать обоями. Или окрашивать. Фактически эта технология подготовки листа к отделке ничем не отличается от работы с гипсокартоном.

Хвойная подложка

Натуральная подложка в виде плит изготавливается из хвойной древесины без добавления клея.

Хвойная подложка используется как тепло- звукоизоляционный слой при монтаже «плавающей стяжки», а также под паркет и ламинат. Применяется в строительных, каркасных, а также бескаркасных конструкциях как звукопоглощающий и демпферный слой под ГКЛ, ГВЛ или ОСБ. Усиливает звукоизоляционные показатели стен и потолка. Подходит под систему «тёплый пол».

Толщина:   3,5; 4,5; 5; 7 мм.

Хвойная подложка за счет своей механической прочности и толщины от 3,5 мм выравнивает существенные (до 5 мм) дефекты пола, что зачастую избавляет от необходимости укладки фанеры. Также подложка выдерживает большое давление на стыках ламинированных плит. При этом она пористая, легкая и нежесткая. Именно благодаря этому выступающие дефекты пола выравниваются.

В отличии от хвойной подложки тонкие пленки под давлением пола быстро сдавливаются и теряют выравнивающий и звукоизоляционный эффект. С плотными плитами подложки такого не происходит.

Засчет пористой структуры плиты обладают хорошими звукоизолирующими свойствами. Они заглушают стук шагов и снижают уровень проникновения шума через пол. Их применение  увеличивает температуру поверхности пола, что создает дополнительный комфорт.

Хвойная подложка защитит ваш пол от деформации при разовом попадании влаги. Жидкость впитается в подложку, а затем постепенно испарится. При этом ламинат не пострадает, и сама подложка высохнув сохранит свою форму.

Плита теплоизолирующая Isoplaat Standart 2700x1200x12 мм, цена

Плита теплоизолирующая Isoplaat Standart 2700x1200x12 мм   Isoplaat Standart представляет собой древесноволокнистую плиту, предназначенную для применения во внутренних помещениях в стеновых, потолочных и половых конструкциях с целью дополнительного утепления, подавления звука и повышения жесткости конструкций. Теплоизолирующая плита «дышит», то есть способна вбирать в себя влагу из помещения и отдавать ее обратно, если влажность в помещении понижается. Это свойство исклю…

Группа горючести ?

Условная характеристика определенного материала, отображающая его способность к горению. По горючести строительные материалы делятся на негорючие (НГ) и горючие (Г):

• Слабогорючие (Г1)
• Умеренногорючие (Г2)
• Нормальногорючие (ГЗ)
• Сильногорючие (Г4)

Подробнее о классах пожарной опасности можно прочитать здесь

Г4

Материал основания ?

Перечень материалов, на которые можно крепить теплоизоляционные материалы

Газобетон, Бетон, Кирпич, Пеноблок, Дерево

Серия ?

Группа товаров, объединенные одним или несколькими характерными параметрами.

Standart

Тип применения ?

Использование теплоизоляционных материалов возможно для наружного или внутреннего применения.

Для внутреннего применения

Форма выпуска ?

Теплоизоляционные материалы могут выпускаться в виде рулонов и плит.

Плиты

размеров и оснований – Gamblin Artists Colors

Основание – это основа масляной живописи. Художники, для которых важно создание постоянных полотен, должны внимательно относиться к качеству всех слоев своих картин. Они должны так же заботиться о слоях, которых они не видят (размер и шлифовка), как и о слоях, которые они видят (слои масла, краски и лак). Подвал из некачественного бетона разрушит дом, а плохой грунт приведет к тому, что картина, какой бы красивой она ни была, развалится.

РАЗМЕРЫ для масляных грунтов – Размер уплотняет пористую ткань и изолирует ее от грунта и / или масляных красок. Без проклейки лен и хлопок преждевременно сгниют. Калибровка требует только тканевых опор. Панели нужно только заземлить. Акриловый левкас не требует размера.

Традиционно левкас не наносили на тканевые опоры, а только на панели. Название «Gesso» было неуместно присвоено акриловым основам в 1950-х годах, что до сих пор вызывает замешательство среди художников. Чтобы не увеличивать путаницу, Gamblin Artists Colors Co.использует традиционную терминологию.

Gamblin Ground

Gamblin Oil Painting Ground создает прочную, яркую, не впитывающую основу для масляных картин. Gamblin Ground состоит из алкидной смолы, диоксида титана и карбоната кальция – диоксид титана придает непрозрачность, а карбонат кальция обеспечивает прочную адгезию зуба.

Gamblin Ground делает слой грунта более ярким и менее впитывающим по сравнению с акриловым «левкасом» – это означает, что слои масляной краски наверху лучше сохранят свою цветовую насыщенность.Кроме того, более низкая впитывающая способность позволяет применять «редуцирующие» техники подмалевка, когда художникам необходимо оттереть белый цвет земли.

Gamblin Ground можно тонировать любым традиционным масляным цветом для создания цветного грунта.

Поскольку процентное содержание пигментов намного выше, чем в акриловом «левкасе», малярам необходимо нанести только ДВА слоя Gamblin Ground вместо рекомендуемых четырех слоев акрила. Перед нанесением Gamblin Ground необходимо выбрать размер тканевых опор с размером ПВА.Кроме того, Gamblin Ground можно наносить поверх акрилового гипса для получения более яркого белого, менее впитывающего слоя грунта.

Gamblin Ground толще акрилового гипса и требует других методов нанесения, которые демонстрируются на нашей странице видеодемонстраций.

SDS

Gamblin Ground доступен в следующих размерах: 8 жидких унций, 16 жидких унций, 32 жидких унции.

Клей для кожи кролика (RSG) –

Это традиционный размер для тканевой основы.Ученые-природоохранители предупреждают художников, что клей для кожи кролика впитывает атмосферную влагу во влажные дни и набухает, выделяет влагу в засушливые дни и сжимается. По данным Смитсоновской лаборатории консервации, это движение размерного слоя может привести к растрескиванию старых масляных картин.

SDS

Клей для кожи кролика (RSG) доступен в следующих размерах: 1 фунт

Gamblin Traditional Gesso – Снято с производства

Gamblin Gesso производит традиционную впитывающую основу для масляной живописи на панелях.«Gesso» в переводе с итальянского означает гипс, который при смешивании с водой и животным клеем дает светящуюся поверхность для окраски. Gamblin Traditional Gesso – это сухая смесь клея для кожи кролика, гипса, мраморной пыли и диоксида титана. Роберт Гамблин рекомендует нанести четыре слоя традиционного гипса на обе стороны тонких или плохо скрепленных панелей. Традиционный Gesso слишком хрупкий для использования с тканевыми опорами.

SDS

Традиционный Gesso доступен в следующем размере: 1 фунт (3 приложения).

Поливинилацетат (ПВА) Размер

Клей, разбавленный дистиллированной водой, представляет собой современный размер для поддержки ткани. Ученые-реставраторы рекомендуют художникам использовать клей ПВА с нейтральным pH на полотне и холсте вместо клея для кожи кролика. ПВА обеспечивает хороший размер слоя, который герметизирует ткань, но не впитывает атмосферную влагу, не набухает и не сжимается, как клей для кожи кролика. Существуют сотни различных формул ПВА. Мы признаем и ценим исследования Канадского института охраны природы, которые помогают художникам и реставраторам определить лучший ПВА для использования.Gamblin PVA Size изготовлен из PVA, который имеет нейтральный pH и не желтеет. Он также сохраняет свою гибкость и не выделяет вредных летучих веществ.

SDS

Размер PVA доступен в следующих размерах: 8,5 жидких унций, 33,8 жидких унций.

–

Точный филогенетический анализ микробных изолятов и геномов из метагеномов с использованием PhyloPhlAn 3.0

Обзор подхода PhyloPhlAn 3.0

Каркас PhyloPhlAn 3.0 был разработан для филогенетической характеристики комбинаций протеинов MAG, реконструированных геномов изолятов и их филогенетической характеристики.Эта структура масштабируется до многих тысяч входных последовательностей и может автоматически реконструировать филогении с несколькими уровнями разрешения от деревьев на уровне видов с определенными деформациями до масштаба всего микробного древа жизни. PhyloPhlAn 3.0 объединяет общедоступные базы данных, автоматически извлекая эталонные геномы и видоспецифичные наборы белков UniRef90. Включая более 150 000 MAG и 80 000 эталонных геномов, которые собраны в 17 672 таксономически маркированных SGB, PhyloPhlAn 3.0 также может назначать новые входные MAG видам и таксономическим единицам и филогенетически уточнять соответствующие деревья на уровне видов.Сначала мы описываем ниже общий филогенетический конвейер, а затем детализируем конкретные подходы PhyloPhlAn 3.0 для использования доступных эталонных геномов, извлечения наиболее подходящих филогенетических маркеров, выполнения таксономического назначения и уточнения, принятия конкретных вариантов выбора для очень крупномасштабных филогений и предоставления дополнительной информации, полученной из результирующие филогении. Большинство из этих функций уникальны для PhyloPhlAn 3.0 и не были доступны в первой версии платформы, как подробно описано в сравнительной таблице Дополнительные данные 1.

Базовый конвейер филогенетического вывода

PhyloPhlAn 3.0 реализует модульный, параллельный и настраиваемый филогенетический конвейер, начиная с обнаружения филогенетических маркеров от входных последовательностей до окончательного вывода дерева. Модульность PhyloPhlAn 3.0 позволяет внутренне распараллеливать фреймворк шаги, которые являются независимыми и могут выполняться параллельно. В противном случае PhyloPhlAn 3.0 предоставляет доступное количество ядер, указанное пользователем, для единственной программы, которая затем может внутренне использовать многопроцессорные вычисления.Общий конвейер можно разделить на четыре основных этапа: (i) идентификация маркерного гена, (ii) MSA и уточнение, (iii) конкатенация MSA или вывод дерева генов и (iv) реконструкция филогении.

Этап идентификации маркерного гена (i) направлен на то, чтобы сначала выбрать наиболее релевантные и наибольшее количество филогенетических маркеров для входных последовательностей, а затем идентифицировать их во входных последовательностях. Выбор маркеров зависит от рассматриваемого типа филогении и варьируется от 400 универсальных белков до различного числа основных генов и видоспецифичных генов (см. Ниже).Этап идентификации требует сопоставления выбранного набора маркеров с входными последовательностями для извлечения их гомологов. Поскольку и маркеры, и входные данные могут быть смесью генов (геномов) и белков (протеомов), на этом этапе требуется инструмент, который может дополнительно выполнять поиск с переводом. PhyloPhlAn 3.0 в настоящее время поддерживает BLAST Suite ²⁷ , USEARCH ²⁸ и Diamond ²⁹ . В зависимости от типа маркеров, PhyloPhlAn 3.0 продолжит филогенетический анализ с использованием нуклеотид-нуклеотидного выравнивания, если и маркеры, и входные данные являются нуклеотидами, но продолжит белковое или транслированное картирование, если маркеры являются белками и вводит смесь геномов и протеомов.Результатом этого шага в PhyloPhlAn 3.0 является набор маркерных генов (или белков), содержащих невыровненные совпадающие последовательности, обнаруженные во входных данных.

После того, как маркеры идентифицированы во входных данных, на этапе (ii) каждый вариант каждого маркера выравнивается с использованием одного из доступных программ MSA. В PhyloPhlAn 3.0 мы включили и протестировали следующие инструменты: MUSCLE ¹⁰ , MAFFT ¹¹ , Opal ¹³ , UPP ³⁰ и PASTA ¹⁴ . Эти инструменты могут отличаться по производительности и точности, а также в зависимости от параметров конфигурации каждого инструмента, и в то время как PhyloPhlAn 3.0 принимает MAFFT по умолчанию, пользователь может указать предпочтительный инструмент MSA для использования в файле конфигурации. PhyloPhlAn 3.0 не ограничивается перечисленным выше программным обеспечением, поскольку другие инструменты MSA могут быть указаны при необходимости с помощью файла конфигурации. Кроме того, PhyloPhlAn 3.0 включает набор стратегий для контроля качества и сокращения времени выравнивания, которые обсуждаются в отдельном разделе ниже. Конечными результатами этого шага являются MSA для каждого маркера.

Этап (iii) в общем ФилАНЕ 3.0 выполняет либо конкатенацию MSA в уникальный MSA, либо вывод филогении для каждого MSA. Это зависит от выбора между последующим филогенетическим подходом, основанным на стратегиях максимального правдоподобия кор-генома ^6,16,22 или филогенетическом анализе на основе генного дерева ^18,21 . Для конвейера конкатенации все вычисленные MSA просто объединяются без определенного порядка в один большой MSA. Вместо этого для конвейера генных деревьев каждый отдельный MSA используется для вычисления одной филогении, а весь набор филогений предоставляется на этапе согласования последующих деревьев.

Заключительный этап (iv) PhyloPhlAn 3.0 – это реконструкция филогении из конкатенированных выравниваний или из филогении одного гена. PhyloPhlAn 3.0 интегрирует FastTree ¹⁶ , RAxML ⁶ , IQ-TREE ²² , а также другое аналогичное программное обеспечение, которое используется как для конвейера на основе конкатенации, так и для этапа реконструкции дерева отдельных генов для конвейера дерева генов. пользователь может указать через файлы конфигурации. Он также реализует подход двухэтапной реконструкции ^6,57 , выводя первую филогению с помощью любого из доступных подходов, а затем уточняя ее на втором этапе с помощью RAxML (или другого эквивалентного программного обеспечения, которое может быть указано в файле конфигурации) .Для конвейера дерева генов последний этап согласования деревьев с одним геном в деревья генома выполняется с помощью PhyloPhlAn 3.0 с использованием ASTRAL ¹⁸ или ASTRID ²¹ .

Интеграция общедоступных микробных геномов

PhyloPhlAn 3.0 предоставляет возможность интегрировать наборы уже доступных микробных геномов или MAG, чтобы лучше контекстуализировать филогенетический анализ вводимых пользователем данных. Этот сборник общедоступных и таксономически маркированных геномов увеличивается и на основе выпуска UniRef 2018_04 (2019_01 в скобках) состоит из 647 (748) видов архей с 828 (985) эталонными геномами, 16 960 (16 638) видов бактерий с 86 192 (99 907) эталонные геномы и 14 (124) видов эукариот, релевантных для анализа микробиома человека, с 153 (412) эталонными геномами.Список эталонных геномов для загрузки составляется с учетом тех геномов, которые имеют протеом в UniProt и включает три типа эталонных геномов: геномы, которые рассматриваются как эталонные, не эталонные и избыточные в UniProt ⁵⁸ . Геномы, принадлежащие к набору референсных геномов, выбираются UniProt как наиболее хорошо аннотированные представители вида, в то время как геном помечается как повторяющийся, если он очень похож на другой геном того же вида ⁵⁸ .В пакете PhyloPhlAn 3.0 для загрузки доступен удобный сценарий ( phylophlan_get_reference.py ), который направляет пользователя при выборе и количестве эталонных геномов для загрузки и включения в анализ. Эти эталонные геномы сортируются в соответствии с их классификацией в UniProt, где первые геномы помечены как , ссылка , за ними следуют геномы, отмеченные как , не повторяющиеся , а затем все другие доступные геномы. Таким образом, PhyloPhlAn 3.0 гарантирует, что он будет сначала извлекать геном (ы), помеченный как ссылка для каждой таксономической записи.

Выбор филогенетических маркеров

Оптимальность генетических маркеров, используемых для реконструкции микробной филогении, зависит от разнообразия и родства рассматриваемых геномов. PhyloPhlAn 3.0 расширяет вариант по умолчанию, чтобы использовать 400 семейств генов, которые наиболее распространены среди видов бактерий и архей (т. Е. универсальных маркеров ) ¹ и которые недавно были дополнительно проверены для использования в крупномасштабном филогенетическом анализе ²⁶ с видоспецифические гены-маркеры для каждого известного вида или вида-кандидата и с возможностью использования маркеров, определяемых пользователем.

Видоспецифичные маркерные гены – это те гены, которые, как выяснилось, являются стержневыми во всех геномах, доступных для данного вида. Эти маркеры предварительно идентифицированы на основе кластеров белков UniRef90, определенных на белках UniProtKB ³⁵ . Вкратце, все геномы аннотируются каталогом UniRef90, и вычисляется распространенность каждой записи UniRef90 для каждого вида. Затем для каждого вида определяется набор основных семейств UniRef90 путем выбора тех семейств UniRef90, которые присутствуют по крайней мере в 75% протеомов, доступных для данного вида.PhyloPhlAn 3.0 может автоматически извлекать набор таких маркеров UniRef90 для каждого интересующего вида без необходимости выполнения анализа пангенома во время выполнения. Этот этап поиска будет обновляться примерно каждые 6 месяцев, чтобы включать новые кластеры и виды белка UniRef90. Свойство маркеров быть ядром внутри вида обеспечивается также после интеграции входных геномов, и, таким образом, маркеры, которые не всегда обнаруживаются в анализируемых геномах, исключаются из последующего филогенетического анализа, чтобы избежать систематических ошибок из-за частично расходящегося состава генов в входы.

PhyloPhlAn 3.0 также может рассматривать любой набор маркеров, вычисленных пользователем с помощью различных стратегий и предоставленных в виде файла последовательности fasta для аминокислот или нуклеотидов. Эти маркеры могут иметь более высокое или более низкое разрешение, чем те, которые в настоящее время предоставляются платформой, и могут быть интегрированы с помощью сценария настройки базы данных ( phylophlan_setup_database.py ).

Управление базами данных PhyloPhlAn 3.0

В PhyloPhlAn 3 доступно несколько удобных скриптов.0 для работы с базами данных в разных масштабах и для разных анализов. В частности, скрипты phylophlan_get_reference.py , phylophlan_setup_database.py и phylophlan_metagenomic.py были разработаны для обработки различных файлов базы данных, которые (i) автоматически извлекаются при необходимости и только в том случае, если они не присутствуют локально, (ii) хранятся локально после загрузки и (iii) обновляются, когда пользователи указывают параметр –database_update . Файлы базы данных содержат наборы предварительно вычисленных видоспецифичных белков UniRef90, список доступных геномов из GenBank и версию SGB.

PhyloPhlAn 3.0 уточнение MSA

MSA необходимо контролировать качество, чтобы избежать локальных несовпадений и положений выравнивания, в которых преобладают недостающие нуклеотиды (пробелы). Для уточнения MSA был предложен ряд методов ^{31,59,60,61,62} , а недавняя сравнительная работа ⁶³ предполагает, что Noisy и trimAl являются лучшими подходами для автоматического уменьшения MSA. Однако при сравнении времени выполнения trimAl быстрее (секунды по сравнению с часами, требуемыми Noisy), поэтому мы решили интегрировать trimAl в качестве опции для обрезки областей с пропусками в PhyloPhlAn 3.0. Другими подходами к укорочению MSA являются удаление единичных пробелов, удаление консервативных областей с ограниченным филогенетическим сигналом и удаление чрезвычайно вариабельных положений, вероятно, представляющих низкоконсервативные или шумные области, которые приводят к частым гомоплазиям. В PhyloPhlAn 3.0 можно использовать комбинацию вышеупомянутых подходов, которые были недавно реализованы в программном пакете.

Еще один более агрессивный подход к уточнению MSA – это оценка каждой выровненной позиции, а затем только определенное количество высоких оценок (т.е., филогенетически релевантные) позиции. Было предложено несколько различных показателей оценки качества позиций в MSA ^{53,64,65,66,67} , которые также реализованы в PhyloPhlAn 3.0 и могут использоваться для сокращения MSA только до ограниченного числа филогенетически релевантных позиций. . Доступны три функции подсчета: трезубец , мышцы и случайный , которые присваивают филогенетический балл каждой позиции в MSA и, в сочетании с функцией подвыборки, сохраняют только определенное количество позиций.Функция random просто присваивает случайное число каждому столбцу MSA. Трезубец Оценка , как предложено в исх. ⁵³ , представляет собой взвешенную комбинацию трех различных показателей: разнообразия символов, стереохимического разнообразия и частоты пропусков. Частота пропусков – это количество пропусков в каждом столбце. Разнообразие символов измеряет энтропию столбца путем взвешивания частоты каждого символа. Стереохимическое разнообразие – это оценка, основанная на матрице замещения. В ФИЛОФАНЕ 3.0 мы предоставляем четыре матрицы подстановки: MIQS ⁶⁸ , PFASUM60 ⁶⁹ , VTML200 ⁶⁵ и VTML240, реализованные в MUSCLE ¹⁰ , а также сценарии для создания пользовательских матриц. Функция оценки muscle повторно реализует функцию оценки, доступную в MUSCLE ¹⁰ (с использованием параметра -scorefile ). После оценки каждой позиции каждого MSA, PhyloPhlAn 3.0 использует одну из реализованных функций подвыборки: phylophlan , на тысячу , семьсот , пятьсот , триста , двадцать сто , 9011 пятьдесят , десять процентов , двадцать пять процентов и пятьдесят процентов , чтобы сохранить только определенное количество позиций.Функция подвыборки phylophlan основана на формуле из ¹ и специфична для набора из 400 универсальных маркеров, предложенных в той же работе.

Конвейер для таксономического присвоения геномов и MAG

Одним из новых дополнений в PhyloPhlAn 3.0 является назначение ближайших SGB, концепция и структура, которые мы недавно представили ⁴¹ , набору бункеров генома из MAG, предоставленных в качестве входных данных. . Это достигается с помощью phylophlan_metagenomic.py , который группирует бункеры на основе их ближайшего назначенного SGB (настраивается с помощью параметра –threshold , по умолчанию установлено значение 0,05). Поскольку система SGB постоянно обновляется, PhyloPhlAn 3.0 также предоставляет пользователю возможность использовать последнюю доступную версию SGB, и это достигается с помощью параметра –database_update , как описано в параграфе Управление базами данных PhyloPhlAn 3.0 . Затем пользователь может выбрать подмножества входных данных и использовать phylophlan_get_reference.py для загрузки необходимых эталонных геномов и сценарий phylophlan_setup_database.py в случае kSGB для загрузки базового набора UniRef90. Для каждого входного MAG PhyloPhlAn 3.0 по умолчанию сообщает о ближайших 10 SGB, отсортированных по их среднему расстоянию Mash. Для каждого SGB выходные данные включают дополнительную информацию, в том числе, содержит ли SGB таксономически маркированный эталонный геном, уровень, на котором может быть присвоена достоверная таксономическая метка (т.е. вид, род, семейство и тип), полную таксономическую метку и среднее расстояние Mash до MAG и геномов в SGB.

В случаях, когда PhyloPhlAn 3.0 не может назначить SGB входному геному, процедура назначения повторяется на уровне GGB и FGB. Подобно SGB, GGB и FGB были определены в другом месте ⁴¹ посредством иерархической кластеризации среднего сцепления на 15% и 30% генетическом расстоянии соответственно. Эти пороги были эмпирически оценены в той же работе, что и те, которые более точно отражают генетический диапазон известных таксономически определенных родов и семейств. GGB и FGB также таксономически отнесены к известным меткам родов и семейств, если кластеры содержат один или несколько эталонных геномов в пределах соответствующего среднего генетического расстояния (15% для GGB, 30% для FGB, в случае таксономических несоответствий в эталонных геномах, попадающих внутрь тот же SGB / GGB / FGB, для присвоения наиболее представленного таксономического ярлыка применяется подход большинства голосов).Используя это определение GGB и FGB, PhyloPhlAn 3.0 присваивает входные геномы с отсутствующим назначением SGB (т. Е. Входной геном находится на среднем генетическом расстоянии> 5% по отношению ко всем SGB) ближайшим GGB и / или FGB, которые находятся в среднем расстояние <15% и <30% соответственно. Если среднее генетическое расстояние входного генома> 30% до любых FGB, ограничения в методах количественной оценки нуклеотидного сходства не позволят надежно отнести таксономическое определение более высокого уровня ⁴¹ .В этих случаях PhyloPhlAn 3.0 сообщает метку типа набора ближайших эталонных геномов (т. Е. Набора геномов в пределах 5% генетического расстояния от ближайшего), определяемого большинством голосов.

Стратегия PhyloPhlAn 3.0 для масштабирования до очень больших филогений

Основная проблема при построении очень больших филогений состоит в том, чтобы ограничить длину MSA, которая будет предоставлена ​​для инструмента филогенетического вывода. Чтобы уменьшить длину MSA, PhyloPhlAn 3.0 использует подходы, описанные выше, и активно совершенствует MSA, чтобы сохранить только несколько, но филогенетически значимых позиций в каждом MSA.Настройки по умолчанию при построении очень больших филогений (параметры: –diversity high –fast ): (i) применение trimAl ³¹ (с параметром -gappyout ) для удаления гаппи-областей, ( ii) удаление консервативных областей путем рассмотрения всех положений, которые не различаются более чем в 95% входных данных (параметр –not_variant_threshold 0.95 ), и (iii) удаление геномов с более чем 65% пробелов ( –fragmentary_threshold 0.65 ) из MSA.Все эти три параметра автоматически устанавливаются комбинацией –diversity high –fast .

Постфилогенические данные и интеграция с последующим анализом

PhyloPhlAn 3.0 также предоставляет набор дополнительной вспомогательной информации и визуализации, сопровождающих произведенную филогению. К ним относятся MSA, используемые для построения филогении, и предполагаемая частота мутаций между всеми парами входных данных. Таким образом, выходные данные PhyloPhlAn 3.0 можно использовать для дополнительного последующего анализа, включая, например, инструменты для обнаружения и удаления филогенетических выбросов ⁷⁰ или для выполнения анализов начальной загрузки.Деревья, созданные PhyloPhlAn, можно визуализировать с помощью GraPhlAn ³⁹ , а результаты задач таксономического профилирования можно отобразить с помощью вновь реализованных сценариев в пакете.

Файлы конфигурации

PhyloPhlAn 3.0 использует файлы конфигурации, которые определяют как тип, так и внутренний выбор филогенетического конвейера, который будет выполняться (конкатенация или деревья генов), а также какие внешние инструменты и параметры использовать. Файлы конфигурации содержат информацию о том, какое внешнее программное обеспечение использовать и какие параметры настройки следует принять для них, тогда как конфигурация реализованной части конвейера включает широкий набор параметров, начиная от типа ввода (например,g., нуклеотиды или аминокислоты), филогенетический подход (например, конкатенация по сравнению с деревом генов) и все шаги, недоступные в качестве внешних приложений (например, параметры для обрезки MSA). Файлы конфигурации по умолчанию могут быть сгенерированы с помощью скриптов, имеющихся в пакете программного обеспечения, для стандартного анализа или в качестве отправных точек для более специальных и уточненных конвейеров. Интеграция новых инструментов, недоступных на различных этапах структуры, может быть достигнута путем ручного редактирования файлов конфигурации и вставки требуемых инструментов / параметров, если входные и выходные файлы находятся в том же формате, что и в настоящее время реализованные инструменты.Эта процедура описана в специальном разделе ( Интеграция новых инструментов во фреймворк ) документации, доступной в репозитории кода PhyloPhlAn 3.0. Конвейер PhyloPhlAn 3.0 полагается как на файл конфигурации, так и на выходной журнал, сгенерированный во время анализа, чтобы отслеживать, какие внешние инструменты использовались с их конкретным набором параметров и деталями выполнения, чтобы сделать полученные результаты воспроизводимыми.

Мы использовали PhyloPhlAn 3.0 для создания филогении 1000 эталонных геномов S. aureus и 135 изолятов S. aureus , как обсуждается в результатах. Для оценки филогении, генерируемой PhyloPhlAn 3.0, мы использовали функцию tqDist ⁷¹ , доступную в пакете квартета R , чтобы сравнить квартетные расстояния между PhyloPhlAn 3.0 и вручную подобранной эталонной филогенией ⁷² .

Мы использовали MetaMLST ⁴⁷ для типа 200 эталонных геномов и восемь MAG из эфиопской когорты, описанных в ⁴⁶ , против схемы MLST Университета Варвика для E.coli . Филогруппы назначены по данным энтеробазы ⁷³ . Локус MLST считался обнаруженным, если поиск BLAST ²⁷ в базе данных аллелей MLST дал совпадение, охватывающее не менее 90% длины локуса с процентной долей идентичности 90% или выше. ST назначались только в том случае, если все локусы MLST могли быть обнаружены.

Краткое изложение отчета

Дополнительная информация о дизайне исследования доступна в Резюме отчета по исследованию природы, связанном с этой статьей.

Образование биопленок в клинических изолятах нозокомиальных изолятов Acinetobacter baumannii и его связь с множественной лекарственной устойчивостью

Резюме

Цель

Проверить образование биопленок клиническими изолятами Acinetobacter baumannii ( A. baumannii ) и показать их чувствительность к различным антибиотикам и изучить возможную связь между формированием биопленки и множественной лекарственной устойчивостью.

Методы

Это исследование проводилось на клинических образцах, собранных у пациентов с внутрибольничными инфекциями в трех больницах Тегерана.Первоначально образцы подвергались скринингу с помощью культуральных и биохимических тестов на наличие различных видов Acinetobacter . Идентификации были дополнительно подтверждены анализами ПЦР. Их чувствительность к 11 антибиотикам разных классов определялась диско-диффузионным методом в соответствии с рекомендациями Института клинических и лабораторных стандартов. Способность к образованию биопленки исследовали с использованием методов: культивирования на красном агаре Конго, микротитрационного планшета и метода пробирки.

Результаты

Из всех клинических образцов было подтверждено, что 156 образцов содержат A.baumannii . Бактерии были очень устойчивы к большинству антибиотиков, за исключением полимиксина B. Из этих изолятов 10,26% были способны образовывать биопленки, как показано на красном агаре Конго. Однако процент бактерий с положительной биопленкой в ​​пробирке, стандартном микротитровальном планшете и модифицированном микротитровальном планшете составлял 48,72%, 66,66% и 73,72% соответственно. По крайней мере 92% изолятов, образующих биопленку, были устойчивы к множеству лекарственных препаратов.

Выводы

Поскольку большинство штаммов с множественной лекарственной устойчивостью образуют биопленку, представляется необходимым обеспечить постоянный мониторинг и определение клинической чувствительности к антибиотикам A.baumannii . Это поможет выбрать наиболее подходящий антибиотик для лечения.

Ключевые слова

Acinetobacter baumannii

Биопленка

Множественная лекарственная устойчивость

Нозокомиальные инфекции

Рекомендуемые статьиЦитирующие статьи (0)

Copyright © 2016 Хайнаньский медицинский университет. Производство и хостинг в компании Elsevier B.V.

Рекомендуемые статьи

Цитирующие статьи

Журналы об инфекционных заболеваниях | Открытый доступ | Важные статьи

Журналы Информация

Journal of Infectious Diseases and Treatment был запланирован с целью изобрести мультидисциплинарный подход с множеством основных моментов для обозначения из каждого отдела, что принесет вам необычайное удобство для доступа к исследовательским работам коллег как из академических кругов, так и из промышленности, а также для открытия научная сеть.Мы тепло приветствуем всех заинтересованных авторов, представивших свои работы, такие как Research, Review, Perspective, Case report, Short article, Book Review, Brief report, Clinical research, Extended Abstract, Flow-chart Presentation, Graphical abstract, Hypothesis, Mini Review, Мнение, экспериментальное исследование, протокол, отчет об исследовании, тезис, видео статья . Публикуйте с нами и сделайте этот журнал успешным своим участием и участием.

Исследовательская статья € 1399

Обзорная статья – € 1299

История болезни € 999

О нас

по инфекционным болезням и лечению предоставляет возможность исследователям и ученым изучать и публиковать основные, передовые и новейшие исследования в области инфекционных заболеваний и лечения.Научным исследованиям в академических и больничных или клинических условиях уделяется равный приоритет. Кроме того, журнал публикует политику, правила, рекомендации, отчеты о действиях по массовой вакцинации, исследования населения данной страны или континента, связанные с профилактикой и лечением инфекционных заболеваний. Журнал инфекционных заболеваний и лечения приглашает к участию в статьях во всех областях, связанных с инфекционными заболеваниями, гриппом, инфекциями дыхательных путей, вирусом герпеса, вирусом папилломы человека, ветряной оспой, конъюнктивитом, дрожжевой инфекцией, лимфоцитарным менингитом, вирусным энцефалитом, инфекционными заболеваниями, оспой, оспой. Инфекции, вирусные инфекции и многое другое.Добро пожаловать на портал журнала! Это ресурс для врачей, клиницистов и ученых, который публикует последние результаты в области инфекционных заболеваний и лечения в виде научных рефератов.

Мы просим авторов отправлять свои рукописи через систему отслеживания редакций через https://www.imedpub.com/submissions/infectious-diseases-treatment.html или по электронной почте на адрес [адрес электронной почты защищен]

Infectious Diseases Modes

Инфекционные болезни – это заболевания, вызываемые такими организмами, как бактерии, вирусы, грибы или паразиты.Некоторые организмы спят в нашем теле и на нем. Обычно они безвредны или, возможно, полезны, однако в определенных условиях некоторые организмы могут вызывать болезни. Некоторые инфекционные заболевания могут передаваться от человека к человеку. Некоторые из них передаются через укусы насекомых или животных, которые не передаются по наследству при употреблении загрязненной пищи или воды или при контакте с организмами в атмосфере.

Связанные журналы: Клинические инфекционные заболевания: открытый доступ, Журнал инфекционных заболеваний и терапии, Новые инфекционные заболевания, Текущее мнение по инфекционным заболеваниям

Малярийная болезнь

Малярия – это инфекционное заболевание, передаваемое комарами, поражающее людей и различных животных, вызываемое паразитическими простейшими (набор неклеточных микроорганизмов), принадлежащими к виду Plasmodium.Малярия вызывает симптомы, которые обычно включают жар, усталость, рвоту и осложнения. В чрезмерных случаях это может вызвать желтые поры и кожу, судороги, кому или смерть. Симптомы обычно появляются через десять-пятнадцать дней после укуса. Если сейчас не лечить должным образом, через несколько месяцев у людей могут быть рецидивы болезни. У тех, кто в наши дни пережил инфекцию, повторное заражение обычно вызывает более легкие симптомы. Это частичное сопротивление исчезает через несколько месяцев или лет, если мужчина или женщина не будут постоянно пропагандировать малярию.

Связанные журналы: Клинические инфекционные заболевания: открытый доступ, Журнал инфекционных заболеваний и терапии, Новые инфекционные заболевания, Текущее мнение об инфекционных заболеваниях

Гепатит С

Гепатит С – это инфекционное заболевание, вызываемое вирусом гепатита С (ВГС), которое в первую очередь поражает печень. Во время первоначального заражения у людей часто проявляются легкие симптомы или симптомы отсутствуют. Иногда возникает лихорадка, темная моча, боль в животе и кожа с желтым оттенком.Вирус сохраняется в печени примерно у 75–85% первоначально инфицированных. На ранних стадиях хроническая инфекция обычно протекает бессимптомно. Однако в течение многих лет это часто приводит к заболеванию печени, а иногда и к циррозу. В некоторых случаях у людей с циррозом развиваются такие осложнения, как печеночная недостаточность, рак печени или расширенные кровеносные сосуды в пищеводе и желудке.

Связанные журналы: Клинические инфекционные заболевания: открытый доступ, Журнал инфекционных заболеваний и терапии, Новые инфекционные заболевания, Текущее мнение об инфекционных заболеваниях

Корь

Корь – очень заразное инфекционное заболевание, вызываемое вирусом кори.Симптомы обычно развиваются через 10-12 дней после контакта с инфицированным человеком и длятся 7-10 дней. Первоначальные симптомы обычно включают жар, часто выше 40 ° C (104,0 ° F), кашель, насморк и воспаление глаз. Небольшие белые пятна, известные как пятна Коплика, могут образовываться во рту через два-три дня после появления симптомов. Красная плоская сыпь, которая обычно начинается на лице, а затем распространяется на остальную часть тела, обычно появляется через три-пять дней после появления симптомов. Осложнения возникают примерно в 30% случаев и могут включать, среди прочего, диарею, слепоту, воспаление мозга и пневмонию.Краснуха, которую иногда называют немецкой корью, и розеола – это разные заболевания, вызываемые неродственными вирусами.

Связанные журналы: Клинические инфекционные заболевания: открытый доступ, Журнал инфекционных заболеваний и терапии, Новые инфекционные заболевания, Текущее мнение об инфекционных заболеваниях

Болезнь холеры

Холера – это бактериальное заболевание, обычно передающееся через загрязненную воду. Холера вызывает серьезную диарею и обезвоживание. При отсутствии лечения холера может быть смертельной в течение нескольких часов даже для уже здоровых людей.Холера лечится без особых усилий. Снижение происходит из-за сильного обезвоживания, которому можно противодействовать с помощью простых и разумных мер по регидратации.

Связанные журналы: Клинические инфекционные заболевания: открытый доступ, Журнал инфекционных заболеваний и терапии, Новые инфекционные заболевания, Текущее мнение по инфекционным заболеваниям

Денге

Лихорадка денге – это болезнь, переносимая комарами, которая встречается в тропических и субтропических регионах мира.Мягкая лихорадка денге вызывает сильную лихорадку, сыпь, боли в мышцах и суставах. Крайний тип лихорадки денге, также называемый геморрагической лихорадкой денге, может вызвать серьезное кровотечение, внезапное падение артериального давления (шок) и смерть.

Связанные журналы: Клинические инфекционные заболевания: открытый доступ, Журнал инфекционных заболеваний и терапии, Новые инфекционные заболевания, Текущее мнение по инфекционным заболеваниям

Эбола

Эбола – необычный, но опасный вирус, вызывающий кровотечение внутри и снаружи тела.По мере того, как вирус распространяется по организму, он наносит вред иммунной системе и органам. Наконец, это приводит к снижению уровня свертывающих клеток крови. Это побуждает к серьезной дикой смерти. Болезнь, иначе называемая геморрагической лихорадкой Эбола или вирусом Эбола, поражает до 90% инфицированных людей.

Связанные журналы: Клинические инфекционные заболевания: открытый доступ, Журнал инфекционных заболеваний и терапии, Новые инфекционные заболевания, Текущее мнение по инфекционным заболеваниям

Вирус герпеса

Генитальный герпес – типичная и исключительно инфекционная инфекция, обычно передающаяся половым путем.Эта инфекция обычно вызывается вирусом простого герпеса 2 HSV-2 или вирусом простого герпеса 1 HSV-1 , вирусом, который обычно отвечает за образование волдырей во рту. Лечение генитального герпеса включает в себя лекарства, которые помогают быстрее вылечить язвы и предотвращают обострения.

Связанные журналы: Клинические инфекционные заболевания: открытый доступ, Журнал инфекционных заболеваний и терапии, Новые инфекционные заболевания, Текущее мнение по инфекционным заболеваниям

ВИЧ / СПИД

Синдром приобретенного иммунодефицита (СПИД) – хроническое, потенциально опасное для жизни заболевание, вызываемое вирусом иммунодефицита человека (ВИЧ).Повреждая вашу иммунную систему, ВИЧ мешает вашему организму бороться с организмами, вызывающими болезни.

Связанные журналы: Клинические инфекционные заболевания: открытый доступ, Журнал инфекционных заболеваний и терапии, Новые инфекционные заболевания, Текущее мнение по инфекционным заболеваниям

Болезнь гриппа

Грипп – это вирусное заражение, поражающее дыхательные пути, нос, горло и легкие. Грипп, обычно называемый гриппом, отличается от желудочного гриппа, вызывающего диарею и рвоту.

Связанные журналы: Клинические инфекционные заболевания: открытый доступ, Журнал инфекционных заболеваний и терапии, Новые инфекционные заболевания, Текущее мнение об инфекционных заболеваниях

Менингит

Менингит – это обострение мозговых оболочек головного и спинного мозга. Припухлость, связанная с менингитом, может указывать на такие проявления, как мигрень, лихорадка и затвердение шеи. Менингит возникает из-за вирусов, бактерий и грибков.

Связанные журналы: Клинические инфекционные заболевания: открытый доступ, Журнал инфекционных заболеваний и терапии, Новые инфекционные заболевания, Текущее мнение по инфекционным заболеваниям

Болезнь пневмонии

Пневмония – это заболевание, при котором воспламеняются воздушные мешочки в одном или обоих легких. Воздушные мешочки могут быть заполнены жидкостью или гноем (гнойным материалом), вызывая кашель со слизью или гноем, лихорадку, озноб и затрудненное дыхание. Смешанный набор форм жизни, включая бактерии, вирусы и грибки, может вызвать пневмонию.

Связанные журналы: Клинические инфекционные заболевания: открытый доступ, Журнал инфекционных заболеваний и терапии, Новые инфекционные заболевания, Текущее мнение по инфекционным заболеваниям

Инфекции дыхательных путей

Респираторные инфекции – одна из наиболее частых причин посещения врача, которая может произойти в любое время, но чаще всего встречается осенью и зимой. Подавляющее большинство респираторных инфекций вызывается вирусами и излечиваются самостоятельно.Антибиотики редко необходимы для лечения респираторных инфекций, и их следует избегать, если врач не подозревает бактериальную инфекцию.

Связанные журналы: Клинические инфекционные заболевания: открытый доступ, Журнал инфекционных заболеваний и терапии, Новые инфекционные заболевания, Текущее мнение об инфекционных заболеваниях

Идентификация и оценка патогенности изолятов Colletotrichum, вызывающих горькую гниль плодов яблони в Бельгии

905 , Дж., & Хартин, Р. (1997). Характеристика изолятов Colletotrichum acutatum , вызывающих антракноз миндаля и персика в Калифорнии. Фитопатология, 87 , 979–987.

Артикул CAS PubMed Google Scholar

Границы | Полногеномное секвенирование клинических изолятов Mycobacterium tuberculosis из Индии выявляет генетическую гетерогенность и региональные вариации, которые могут влиять на чувствительность к лекарствам

Введение

Туберкулез – одна из основных причин смерти во всем мире.Возникающая лекарственная устойчивость представляет собой серьезную глобальную угрозу и представляет собой серьезную проблему для общественного здравоохранения. Согласно недавнему отчету ВОЗ, в 2017 году было зарегистрировано 10,0 миллионов случаев ТБ и 1,3 миллиона смертей. На долю одной только Индии приходилось 24% глобальной заболеваемости МЛУ-ТБ и 27% глобальной заболеваемости ТБ среди ВИЧ-отрицательных лиц ( Глобальный отчет ВОЗ по туберкулезу [GWTR] x, 2018 г.). Существует острая необходимость в улучшенной диагностике туберкулеза, такой как идентификация маркеров для мониторинга передачи и эффективное лечение для борьбы с этим смертельным заболеванием.Исследования полного генома (WGS) по всему миру выявили генетическое разнообразие Mycobacterium tuberculosis и предоставили важную информацию о его эволюции и передаче (Casali et al., 2014; Walker et al., 2015; Nikolayevskyy et al., 2016). Они также выявили специфические генотипы, связанные с лекарственной устойчивостью.

Несколько исследований показали связь генетических вариаций с патогенезом и лекарственной устойчивостью (Laurenzo and Mousa, 2011; Zhang et al., 2013; Casali et al., 2014). На основе этих генетических маркеров была разработана глобальная передовая молекулярная диагностика, такая как линейные зонды и Xpert MTB / RIF, используемые для диагностики лекарственно-устойчивого туберкулеза (Gagneux and Small, 2007; Thakur et al., 2015; Thirumurugan et al., 2015). ). Однако эти тесты основаны на ограниченном количестве мутаций. Было несколько случаев, когда фенотипическую устойчивость нельзя было объяснить известными мутациями, связанными с лекарственной устойчивостью (Rigouts et al., 2013; Banu et al., 2014; Ахмад и др., 2016). В недавнем исследовании, в котором сравнивалась эффективность Xpert MTB / RIF с анализом линейного зонда для выявления монорезистентности к рифампицину M. tuberculosis , сообщалось о полезности зондов, специфичных для страны, для повышения чувствительности Xpert MTB / RIF в Индии (Rufai et al. ., 2014). Поскольку среди изолятов M. tuberculosis из разных географических регионов существует значительная генетическая гетерогенность, требуются широкомасштабные усилия по секвенированию для картирования генетических вариаций и идентификации генотипов, связанных с лекарственной устойчивостью.

Исследования полногеномного секвенирования для картирования генетической гетерогенности и определения детерминант лекарственной устойчивости среди клинических изолятов в Индии ограничены (Chatterjee et al., 2017; Manson et al., 2017a). Предыдущие исследования показали, что линия 1 (индо-океаническая) и линия 3 (восточно-африканско-индийская) наиболее распространены в Индии и менее распространены в других частях мира (Gutierrez et al., 2006; Ahmed et al., 2009 г.). Линия 1 превалирует в Южной Индии, тогда как линия 3 превалирует в Северной Индии.В недавнем исследовании представлены данные WGS для 223 клинических изолятов из Южной Индии (Manson et al., 2017a). Они наблюдали генетическое разнообразие секвенированных изолятов и сообщили о потенциальных новых генотипах, которые могут быть связаны с лекарственной устойчивостью. В исследовании также наблюдались потенциальные смешанные инфекции, которые могут повлиять на прогнозирование фенотипов лекарственной устойчивости на основе данных генотипа. В текущем исследовании мы выполнили анализ WGS 200 культур, подтвердивших клинических изолятов M. tuberculosis, из Северной Индии.Мы проанализировали изоляты из различных категорий, таких как чувствительные к препаратам первого ряда, монорезистентность к рифампицину, монорезистентность к изониазиду, монорезистентность к стрептомицину, МЛУ и пре-экстенсивная лекарственная устойчивость (пре-ШЛУ). Мы сравнили генетические вариации, наблюдаемые у этих изолятов, с данными из 2 044 клинических изолятов M. tuberculosis , доступных в открытом доступе. Кроме того, мы также сравнили генетические вариации с вариациями, обнаруженными у изолятов, распространенных в Южной Индии. Мы идентифицировали несколько новых генетических вариаций и новых генотипов в клинических изолятах из Северной Индии, которые потенциально могут быть связаны с лекарственной устойчивостью.

Материалы и методы

Бактериальные изоляты

Двести клинических изолятов M. tuberculosis были собраны из репозитория микобактерий Национального института лепры и других микобактериальных заболеваний JALMA, Агра, Индия. Это исследование было проведено в соответствии с рекомендациями руководящих принципов Национального института лепры и других микобактериальных заболеваний JALMA. Исследование было одобрено Комитетом по институциональной этике Национального института лепры и других микобактериальных заболеваний JALMA, Агра.Все испытуемые дали письменное информированное согласие в соответствии с Хельсинкской декларацией.

Mycobacterium tuberculosis клинических изолятов, использованных в данном исследовании, культивировали и поддерживали в Департаменте микробиологии Национального института лепры и других микобактериальных заболеваний JALMA, Агра, Индия. Изоляты были получены из легких пациентов с диагнозом туберкулез.Образцы обрабатывали в соответствии со стандартом N, -ацетил- L -цистеин-гидроксид натрия (NALC-NaOH) и инокулировали на скошенные участки Ловенштейна-Йенсена (LJ) для первичной культуры (Apers et al., 2003; Steingart et al. др., 2006; Перес и др., 2009). Затем культуры были протестированы с использованием биохимических анализов, чтобы исключить NTM или любую другую инфекцию. Образцы субкультивировали, используя рост одной колонии на Lowenstein-Jensen (LJ) для выделения ДНК. Библиотеки ДНК были сконструированы с использованием геномной ДНК, выделенной с использованием метода CTAB (van Soolingen et al., 1991). ДНК была фрагментирована в диапазоне от 100 до 800 оснований. Фрагментированную ДНК очищали с использованием колонок QIAquick (QIAGEN). Распределение по размерам проверяли путем обработки аликвот образцов на чипах Agilent Bioanalyzer 7500 Nano. К каждому фрагменту лигировали адаптеры Illumina. Фрагменты ~ 300 оснований были разделены с помощью гель-электрофореза и секвенированы на обоих концах с использованием секвенатора Illumina HiSeq 2500. Глубина секвенирования для всех изолятов была более 100X при средней длине считывания парных концов 100 п.н.

Тестирование лекарственной чувствительности

Тестирование лекарственной чувствительности изолятов M. tuberculosis проводили с использованием метода минимальной ингибирующей концентрации (MIC) на наклонных участках LJ. Концентрации лекарственного средства, использованные для тестирования, составляли 64 мкг / мл для сульфата стрептомицина (STR), 1 мкг / мл для изониазида (INH), 64 мкг / мл для рифампицина (RMP), 6 мкг / мл для этамбутола (EMB), 64 мкг. / мл для канамицина (KAN) и 6 мкг / мл для офлоксацина (OFX) (Canetti et al., 1969; Singh et al., 2009; Purwar et al., 2011).Все лекарства были закуплены у Sigma Aldrich. Инокулированные скошенные растения LJ проверяли на рост после 28 дней инкубации и регистрировали количество колоний. Штамм считался устойчивым, если количество колоний на склоне составляло 20 или более (Canetti et al., 1969). В ходе анализа данных изоляты были разделены на следующие категории на основе профилей лекарственной устойчивости: чувствительность к препаратам первого ряда ( n, = 50), МЛУ ( n, = 91), монорезистентность к рифампицину ( n = 12). , Монорезистентность к изониазиду ( n = 31), монорезистентность к стрептомицину ( n = 6), Pre-XDR ( n = 10).

Картирование и обнаружение вариантов с использованием эталонного генома h47Rv

Качество необработанных считываний было проверено с помощью инструментария FastQC версии 0.11.5 с последующей обрезкой адаптеров и низкокачественных баз с показателем качества Phred менее 20. Считывания были затем сопоставлены с эталонным геномом h47Rv (NC_000962.3). ) с помощью инструмента выравнивания Барроуза-Уиллера (BWA) (версия 0.7.15) (Li and Durbin, 2009). Файлы выравнивания были подвергнуты локальному выравниванию и дедупликации с использованием Genome Analysis Toolkit (GATK) (версия-3.6) и Пикар. Варианты SNV и вставки / удаления (In / Dels) вызывались из каждого файла выравнивания с помощью GATK и Pindel (версия 0.2.5b8) (Ye et al., 2009). Фильтрация вариантов осуществлялась путем удаления вариантов с <5 прочтениями. Варианты с низким базовым качеством <20 отбрасывались. Варианты аннотированы с помощью скриптов. Отобранные варианты имели минимальную глубину считывания 5 считываний и оценку качества картирования выше 20. Все варианты, идентифицированные в этом исследовании, были проверены вручную с помощью Integrative Genomics Viewer (IGV) (версия 2.3.86) (Ye et al., 2009).

Метагеномический анализ

Метагеномный анализ был выполнен с использованием Kraken, который представляет собой программу для присвоения таксономических меток коротким последовательностям ДНК, полученным в результате метагеномных исследований (Wood and Salzberg, 2014). Этот анализ был проведен для 39 изолятов, в которых мы наблюдали плохое выравнивание последовательностей с геномом M. tuberculosis h47Rv.

Анализ главных компонентов

вариантов последовательностей из наборов данных GMTV и NIRT были использованы вместе с нашим набором данных для проведения анализа главных компонентов (PCA) (Chernyaeva et al., 2014; Manson et al., 2017b). Полногеномная база данных Mycobacterium tuberculosis Variation (GMTV) представляет собой совокупный каталог всех генетических вариаций, наблюдаемых у штаммов M. tuberculosis со всего мира, а данные NIRT включают информацию о геноме 220 изолятов M. tuberculosis , секвенированных недавно из Южной Индии (Черняева и др., 2014; Manson et al., 2017b). В общей сложности 87 613 SNV из 2201 изолята было использовано для создания матрицы SNV. PCA был выполнен с использованием пакета ggfortify в R версии-3.2.0.

Филогенетический анализ и сполиготипирование

Mycobacterium tuberculosis сложных клонов / подлиний и сполиготипирование in silico определяли с помощью KvarQ (версия-0.12.2) (Steiner et al., 2014). SNV, идентифицированные в каждом изоляте, были использованы для построения филогенетического дерева. Индивидуальные консенсусные файлы fasta последовательностей для изолятов с SNV, идентифицированными в каждом изолятов, были созданы с использованием модуля vcf -connsus (применяет варианты VCF к файлу fasta для создания консенсусной последовательности) из VCFtools (версия 0.1.16) (Danecek et al., 2011). Множественное выравнивание последовательностей проводили с использованием инструмента MAFFT для файлов консенсусных последовательностей fasta для всех изолятов (версия 7.407) (Nakamura et al., 2018). Выходной файл, созданный после множественного выравнивания последовательностей с использованием MAFFT, в дальнейшем использовался для построения филогенетического дерева. Метод максимального правдоподобия был реализован в IQ-TREE для построения филогенетического дерева (Nguyen et al., 2015). Результат был визуализирован с помощью Dendroscope (версия 3.5.8) (Huson and Scornavacca, 2012).

Идентификация генов и SNV, ассоциированных с лекарственной устойчивостью

Мы составили список генов, связанных с лекарственной устойчивостью, из литературы и баз данных, а также список несинонимичных SNV, наблюдаемых в этих генах среди изолятов лекарственной устойчивости (дополнительная таблица S5).

Различные категории лекарственной устойчивости (чувствительность к препаратам первого ряда, МЛУ, монорезистентность к рифампицину, монорезистентность к изониазиду, монорезистентность к стрептомицину, пре-ШЛУ) были использованы для идентификации SNV, которые наблюдались в этих генах среди изолятов с лекарственной устойчивостью .Рассчитывалась доля устойчивых к лекарственным средствам изолятов (FR), в которых мутировал данный ген, за вычетом доли чувствительных к лекарственным средствам изолятов (FS), в которых был мутирован тот же ген (т.е. FR – FS). Среднее значение и стандарт отклонение этого набора данных было использовано для получения квантиля P -значение ( P <0,05) соответствующего нормального распределения для каждого гена (Zhang et al., 2013). Полученные несинонимичные SNV были обозначены как несинонимичные SNV с относительно высокой частотой в устойчивых к лекарствам изолятах.Двусторонний тест t использовали для сравнения и характеристики значимых мутаций. Скорректированные по Бонферрони значения P- были рассчитаны с использованием гипергеометрической функции (записи с P -значение ≤ 0,05).

Сопутствующие и компенсирующие мутации в лекарственно-устойчивых изолятах

Матрица мутаций, связанных с лекарственной устойчивостью для изолятов из нашего набора данных и изолятов из исследования NIRT, была создана для выявления сопутствующих и компенсаторных мутаций (Manson et al., 2017б).

Результаты

Мы провели WGS 200 подтвержденных культур клинических изолятов M. tuberculosis из Северной Индии, охватывающих широкий спектр профилей лекарственной устойчивости (50 чувствительных к четырем препаратам первой линии, 12 монорезистентных к рифампицину, 31 монорезистентных к изониазиду, 6 стрептомицину). моноустойчивый, 91 MDR и 10 Pre-XDR) (дополнительная таблица S1). Изоляты собирали в течение 4 лет (2010–2014 гг.) В Национальном институте лепры и других микобактериальных заболеваний JALMA, Агра, Индия.Мы сравнили генетическое разнообразие клинических изолятов из Северной Индии и Южной Индии. Кроме того, мы определили новые генетические вариации, наблюдаемые у изолятов из Индии, по сравнению с общедоступными данными WGS изолятов из остального мира.

Данные секвенирования всего генома выявляют сопутствующие инфекции, не обнаруженные при культуральной диагностике

Геном M. tuberculosis имеет длину 4,4 миллиона пар оснований и кодирует примерно 4000 генов (Cole et al., 1998). Все 200 культуральных подтвержденных изолятов, секвенированные в этом исследовании, были сопоставлены с эталонным геномом M. tuberculosis h47Rv (NC_000962.3). Мы наблюдали плохое выравнивание последовательностей для 39 изолятов (дополнительная таблица S1). Поскольку при туберкулезе обычно подозревают сопутствующие инфекции, мы выполнили сравнение этих 39 изолятов с несколькими нетуберкулезными видами микобактерий. Наш анализ показал коинфекцию (рис. 1).

Рис. 1. Изоляты, идентифицированные как сопутствующие инфекции.Длина столбцов указывает долю считываний, которые были сопоставлены с соответствующими видами микобактерий. (Определения ВОЗ для истории болезни. (I) Новый случай – Пациент никогда не лечился от ТБ. (Ii) Случай повторного лечения – Пациент, проходящий повторное лечение препаратами первого ряда. (Iii) Лечение второго ряда – Пациент был начат напрямую на лечении второй линии от МЛУ-ТБ или РУ-ТБ, без начала приема препаратов первой линии. (iv) Случай рецидива – Пациент ранее лечился от ТБ, и теперь у него диагностирован рецидивный эпизод ТБ.(v) Неизвестно – история болезни недоступна).

Считывание 20% ( n = 39) клинических изолятов в нашем исследовании сопоставлено с геномами нескольких видов микобактерий, из которых 9 оказались NTM, а остальные 30 были случаями коинфекции M. tuberculosis. . Мы наблюдали, что M. mageritense преобладали в 46% (14/30) случаев, за которыми следовали M. intracellulare (7/30) и M. abscessus (4/30). M. mageritense – это недавно описанная непигментированная инфекционная микобактерия, наиболее похожая на M. mageritense .fortuitum третий биовариантный комплекс (Domenech et al., 1997). Ранее сообщалось, что эти клинические изоляты содержат только M. tuberculosis с помощью традиционных методов культивирования. Из 30 случаев сочетанной инфекции M. tuberculosis случаев , 36% (11/30) были случаями рецидива туберкулеза и 53% (16/30) были устойчивы к противотуберкулезным препаратам первого ряда (МЛУ) в соответствии с фенотипическим ТЛЧ (рис. 1). Наши результаты согласуются с предыдущими отчетами, в которых наблюдалась высокая распространенность сопутствующих инфекций в случаях с множественной лекарственной устойчивостью, что приводит к неблагоприятным исходам лечения (Gopinath and Singh, 2009; Fusco da Costa et al., 2013).

Вариации последовательности в масштабе всего генома в

Мы исследовали возникновение компенсаторных мутаций в гене rpoC в изолятах, несущих мутации устойчивости к рифампицину в гене rpoB . Из 51 изолята, несущего SNV в гене rpoB , было обнаружено, что 20% (10/51, значение P- ≤ 0,05) несут SNV в гене rpoC (рис. 6). Мы наблюдали (S450L) SNV в гене rpoB среди 3.4% изолятов из Южной Индии по сравнению с 25% среди изолятов из Северной Индии. Однако частота компенсаторной мутации (A172V) в гене rpoC в тех же изолятах была чрезвычайно высокой в ​​изолятах из Южной Индии (74%), чем в Северной Индии (12,5%) (дополнительный рисунок S1). Помимо идентификации мутаций в генах rpo , мы также идентифицировали четыре основных кластера сопутствующих мутаций, широко распространенных в определенных клонах. Было обнаружено, что SNV (D229G) в гене accD6 (Rv2247) исключительно совместно с katG (R463L) во всех изолятах МЛУ и пре-XDR восточноазиатской (Пекинской) клады.Аналогичным образом было обнаружено, что SNV gid (E92D) встречается совместно с rpsL (K43R) и преобладает в восточноазиатской (Пекинской) кладе с фенотипом устойчивости к лекарственным средствам MDR и pre-XDR. Мы также наблюдали кластер SNV, связанных с устойчивостью к этамбутолу, которые были чрезмерно представлены с более высокой распространенностью в клинических изолятах МЛУ из Восточной Африки и Индии, которые включают – 2 новых SNV embB (G406A) и embB (M306I) и один известный SNV. embB (M306V) ( P- значение ≤ 0.05).

Рис. 6. Число SNV в генах rpo A, B и C в разных линиях в изолятах из Северной и Южной Индии. (A) Цветные полосы представляют количество SNV в генах rpo A, B и C в изолятах из Северной Индии в разных линиях. (B) Цветные полосы представляют количество SNV в генах rpo A, B и C в изолятах из Южной Индии в разных линиях.

Обсуждение

В этом исследовании мы выполнили WGS 200 подтвержденных культур клинических изолятов Mycobacterium tuberculosis из центра третичной медицинской помощи в Северной Индии. WGS выявила 39 случаев сочетанной инфекции M. tuberculosis с различными видами NTM. Неожиданно мы обнаружили, что M. mageritense является наиболее распространенной коинфекцией NTM с M. tuberculosis , в отличие от предыдущих исследований, в которых сообщалось о комплексе M. avium (MAC) и M.Абсцесс . Инфекции НТМ в высокоэндемичных странах, таких как Индия, либо остаются нераспознанными, либо ошибочно диагностируются как туберкулез легких из-за их неотличимых клинических проявлений (Gopinath and Singh, 2010). Было опубликовано несколько сообщений об одновременном выявлении множественных инфекций, вызванных M. tuberculosis , M. avium и другими (Kox et al., 1995; Montessori et al., 1996; Fusco da Costa et al., 2013). Сопутствующие инфекции могут привести к неправильной идентификации штаммов и недооценке передачи заболевания (Theisen et al., 1995; Ниманн и др., 2000; van Rie et al., 2005). Они также приводят к ошибочным профилям лекарственной чувствительности (ТЛЧ), что приводит к плохим результатам лечения. Используя метод мультиплексной ПЦР, Gopinath и Singh (2009) сообщили о НТМ-инфекции более чем в 17% подтвержденных случаев легочного ТБ, что указывает на более высокую долю сопутствующих инфекций с M. tuberculosis, случаев пропущенных при рутинной диагностике ТБ. Кроме того, исследования также показали, что большинство случаев сопутствующих инфекций оказались лекарственно устойчивыми (Fusco da Costa et al., 2013).

Сообщается, что среди нескольких видов НТМ, инфицированных людей, чаще встречаются M. avium complex (MAC) и M. abscessus (Gopinath and Singh, 2009; Nishiuchi et al., 2017). Было обнаружено, что большинство НТМ устойчивы или частично устойчивы к стандартным противотуберкулезным препаратам и требуют различных стратегий лечения (Gopinath and Singh, 2010). Например, M. mageritense чувствителен к ципрофлоксацину и сульфаметоксазолу и устойчив к кларитромицину (Wallace et al., 2002). Необходимы дальнейшие исследования, чтобы оценить, приведет ли комбинированное лечение к лучшим результатам среди пациентов с коинфекцией. Таким образом, точная диагностика этих инфекций становится критически важной для эффективного лечения. Это подчеркивает важность использования подходов WGS для диагностики и лечения туберкулеза.

Наше исследование выявило несколько новых генетических вариаций, о которых ранее не сообщалось у M. tuberculosis . Среди них было несколько новых генетических вариаций генов, которые, как известно, придают устойчивость к лекарствам.Однако влияние этих новых SNV на лекарственную чувствительность еще предстоит охарактеризовать. Мы также наблюдали значительные различия в частоте этих SNV в разных клонах. В недавнем анализе геномов M. tuberculosis из разных стран Manson et al. (2017b) сообщили, что у большинства штаммов МЛУ-ТБ и ШЛУ-ТБ устойчивость к изониазиду развивалась раньше, чем к рифампицину. Это связано с тем, что изониазид был введен в клиническую практику примерно за 20 лет до появления рифампицина, что привело к отбору M.tuberculosis популяций, несущих мутации, приводящие к устойчивости к изониазиду. Мы наблюдали аналогичную тенденцию из генотипических данных для katG и rpoB в нашем наборе данных. Мутации в гене rpoB , обнаруженные с помощью Xpert MTB / RIF, – это те мутации, которые возникают позже во время инфицирования. Поскольку другие высокочастотные мутации предшествуют появлению мутаций rpoB , зонды, которые отслеживают эти высокочастотные мутации, могут быть полезны для выявления пациентов с более высоким риском заражения МЛУ-ТБ.343 новых SNV, выявленных в этом исследовании, могут иметь важное значение для разработки быстрых методов обнаружения штаммов, устойчивых к лекарствам. Эти результаты означают, что диагностику с помощью набора для молекулярного анализа, основанного на генах rpoB и katG , следует улучшить за счет включения SNV, связанных с другими лекарствами, и с учетом географической специфичности.

штаммов ТБ, устойчивых к любому фторхинолону в дополнение к препаратам первого ряда и одному из трех инъекционных препаратов второго ряда, амикацину, канамицину или капреомицину, классифицируются как чрезвычайно устойчивые к лекарственным средствам (ШЛУ) (Von Groll et al., 2009). Фторхинолоны – это класс антибиотиков, которые ингибируют гираз ДНК и, таким образом, препятствуют синтезу ДНК бактерий. Они играют важную роль в лечении МЛУ-ТБ (Moadebi et al., 2007). Помимо туберкулеза, фторхинолоны широко используются для лечения нескольких бактериальных инфекций, включая S. pneumoniae (Low, 2009). Увеличение количества выписываемых фторхинолонов и более широкое использование этих агентов широкого спектра действия при многих инфекциях привело к появлению устойчивости к фторхинолонам.Глобальные надзорные исследования показывают, что в последние годы уровень устойчивости к фторхинолонам увеличился почти у всех видов бактерий (Dalhoff, 2012). Это может быть связано с тем, что эти лекарства легко доступны без рецепта во многих местах и ​​неизбирательно используются при невыявленных инфекциях дыхательных путей (Dalhoff, 2012). Частые случаи устойчивости к фторхинолонам у больных ТБ препятствуют использованию этого класса препаратов для лечения ТБ (Devasia et al., 2009). Однако устойчивость к фторхинолонам обычно не оценивается при туберкулезе.Устойчивость к фторхинолонам у M. tuberculosis в основном обусловлена ​​SNV в генах gyrA или gyrB , влияющих на определяющие устойчивость к хинолонам области (QRDR), которые взаимодействуют с лекарственными средствами (Devasia et al., 2012; Maruri et al., 2012; Li et al., 2014). Эти данные убедительно свидетельствуют о том, что в Индии следует провести больше исследований, которые будут способствовать развитию, уточнению и совершенствованию экспресс-молекулярных диагностических тестов для определения устойчивости к фторхинолонам.Это также поможет в более своевременном и эффективном выявлении МЛУ и пред-ШЛУ-ТБ.

Бедаквилин – противотуберкулезный препарат сравнительно недавно появившийся. Он показал высокую эффективность против случаев множественной и чрезвычайно лекарственной устойчивости. По состоянию на 2017 год около 12 194 пациента получали бедаквилин (Tiberi et al., 2018). Недавно он получил ускоренное одобрение FDA как часть комбинированной терапии для лечения взрослых с МЛУ-ТБ, когда невозможно обеспечить эффективный режим лечения (Zumla et al., 2014). Он нацелен на активность АТФ-синтазы в M. tuberculosis (Andries et al., 2005). К сожалению, скорость, с которой микобактерии приобретают устойчивость к этому недавно введенному лекарству во всем мире, вызывает тревогу (Andries et al., 2014; Nguyen et al., 2017). Недавнее исследование показало, что существует тревожная скорость роста устойчивости к бедаквилину как у пациентов, прошедших лечение туберкулеза, так и без него (Veziris et al., 2017). Ранее было описано, что мутации в гене atpE (субъединица АТФ-синтазы с) связаны с устойчивостью к бедаквилину (Andries et al., 2014). Однако анализы на основе мишеней показали, что примерно 30% изолятов, устойчивых к бедаквилину, несут мутации в генах АТФ-синтазы, что указывает на альтернативный механизм устойчивости, не связанный с лекарственной мишенью (Huitric et al., 2010; Ismail et al., 2018). Коллеги Andries показали, что мутации в гене Rv0678 , который не является мишенью бедаквилина, могут объяснять нецелевую устойчивость к бедаквилину и перекрестную резистентность между клофазимином и бедаквилином.Они продемонстрировали, что Rv0678 , который также известен как «репрессор мембранного белка микобактерий» (MmpR5), является негативным регулятором MmpS5 и MmpL5. Мутации в этом гене приводят к повышенной экспрессии этого оттока. Известно, что несколько мутантов atpE , не являющихся , устойчивых к бедаквилину, несут мутации в Rv0678 , включая миссенс-мутации (G281A), одиночные нуклеотидные вставки (Ins A 38–39) и последовательности вставки IS 6110 (IS6110 nt 272 ) (Milano et al., 2009; Ioerger et al., 2013). Учитывая, что мутации, потенциально способствующие устойчивости к бедаквилину, уже существуют в некоторых изолятах, важно контролировать эффективность бедаквилина и характер его устойчивости.

Недавние исследования показали, что стоимость устойчивости к противомикробным препаратам может быть снижена за счет компенсаторных мутаций (Andersson and Hughes, 2010; Borrell and Gagneux, 2011). Например, M. tuberculosis , несущий мутацию rpoB (S450L), которая приобретает компенсаторную мутацию в rpoC , восстанавливает свою пригодность и позволяет бактериям процветать без какого-либо заметного снижения роста (Zhang et al., 2013). Компенсирующие мутации, связанные с геном rpoB , несущим мутации в области, определяющей устойчивость к рифампицину длиной 81 п.н., хорошо изучены. Мутации в некоторых генах также имеют тенденцию возникать одновременно у устойчивых к лекарствам бактерий. Мы наблюдали сопутствующие SNV в генах gid (E92D) и rpsL (K43R) среди изолятов клады Восточной Азии (Пекин), секвенированные в нашем исследовании. gid (E92D) представляет собой клон-специфический полиморфизм, связанный с кладой Beijing (Spies et al., 2011), тогда как rpsL (K43R) является наиболее распространенной мутацией rpsL , значительно связанной со штаммами Beijing, по сравнению со штаммами, не относящимися к Beijing (Sun et al., 2010). Кроме того, gidB , как сообщается, является высокополиморфным геном, что позволяет предположить, что он является предполагаемой мишенью селективного давления (Wong et al., 2011). Эти сопутствующие и компенсаторные мутации могут быть дополнительно подтверждены на большом количестве изолятов, которые могут предоставить информацию о лекарственной устойчивости, а также могут быть использованы в качестве нового подхода для оптимизации текущих схем лечения.

Поскольку новые SNV могут иметь прямое влияние на лекарственную устойчивость; Для быстрой и эффективной диагностики и лечения лекарственно-устойчивого ТБ потребуются страновые зонды. Выявление большого количества генетических вариаций у изолятов M. tuberculosis , секвенированных в нашем исследовании, также предполагает, что такие крупномасштабные усилия необходимы для всесторонней характеристики генетического разнообразия M. tuberculosis . Это особенно верно для изолятов с Индийского субконтинента, поскольку они относительно недостаточно представлены в глобальных наборах данных.

Доступность данных

Необработанные данные WGS депонированы в архиве чтения последовательностей NCBI (SRA) (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra), и к ним можно получить доступ через доступ PRJNA379070.

Взносы авторов

TP, ST и HG разработали исследование и руководили исследованием. Собранные изоляты JA, RV, PP, JY и RS. RV, JA, PP, JY, RS и FN культивировали изоляты. PP, PU, ​​RS и JY проводили тестирование лекарственной чувствительности. RV, JA и FN приготовили образцы ДНК.JA выполнила анализ секвенирования всего генома. RV и JA интерпретировали данные. JA, RV и OC проанализировали данные. Рукопись написали RV, JA, OC, HG и TP. Иллюстрированные рисунки OC, JA и RV. Рукопись рецензировали TP, HG, ST, DC, AP, RR, SB, MS и UG. Х.Г. и Т.П. руководили работой. TP, HG, ST, AP и DC были разработаны и обеспечили общее направление проекта.

Финансирование

Эта работа была поддержана внутренним финансированием от Yenepoya (Предполагается, что университет) и грантом Фонда Олафа Тона на «Открытие новых терапевтических целей и лекарств для борьбы с туберкулезом AMR.”JA является стипендиатом старшего научного сотрудника Совета по научным и промышленным исследованиям (CSIR) правительства Индии. Р.В. является стипендиатом старшего научного сотрудника Комиссии по университетским грантам (UGC) правительства Индии. OC является стипендиатом INSPIRE от Министерства науки и технологий (DST) правительства Индии.

Заявление о конфликте интересов

Авторы заявляют, что исследование проводилось при отсутствии каких-либо коммерческих или финансовых отношений, которые могут быть истолкованы как потенциальный конфликт интересов.

Рецензент AK заявил о совместной принадлежности, без сотрудничества, с одним из авторов, AP, к редактору, занимающемуся рецензированием, во время рецензирования.

Благодарности

Мы благодарим Фонд Infosys и Департамент биотехнологии (DBT) правительства Индии за исследовательскую поддержку Института биоинформатики.

Дополнительные материалы

Дополнительные материалы к этой статье можно найти в Интернете по адресу: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389 / fmicb.2019.00309 / полный # дополнительный материал

РИСУНОК S1 | Сопутствующие мутации в клинических изолятах M. tuberculosis . Мутации, отмеченные красным, являются сопутствующими мутациями. (A) Выделенные кластеры показывают преобладание этих мутаций в различных линиях M. tuberculosis в изолятах из Северной Индии. (B) Выделенные кластеры показывают преобладание этих мутаций в различных линиях M.tuberculosis в изолятах из Южной Индии.

ТАБЛИЦА S1 | Сведения о пациенте, характеристика изолятов согласно анализу WGS и статус тестирования лекарственной чувствительности клинических изолятов M. tuberculosis .

ТАБЛИЦА S2 | Список SNV, выявленных в ходе исследования.

ТАБЛИЦА S3 | (A) Список вставок, выявленных в нашем исследовании в области CDS. (B) Список вставок, выявленных в нашем исследовании в межгенной области.

ТАБЛИЦА S4 | (A) Список делеций, выявленных в нашем исследовании в области CDS. (B) Список делеций, выявленных в нашем исследовании в межгенной области.

ТАБЛИЦА S5 | Список SNV в генах, придающих устойчивость к лекарствам, и их относительная частота.

ТАБЛИЦА S6 | Список новых SNV, связанных с лекарственной устойчивостью первого и второго ряда, выявленных в исследовании.

ТАБЛИЦА S7 | Список SNV, которые выявляются в большей доле изолятов с лекарственной устойчивостью, чем изолятов, чувствительных к лекарствам.

Сокращения

МЛУ с множественной лекарственной устойчивостью; MTB, Mycobacterium tuberculosis; MTBC, Mycobacterium tuberculosis комплекс; NCBI, Национальный центр биотехнологической информации; НТМ, нетуберкулезные микобактерии; SNV, однонуклеотидные вариации; Туберкулез, туберкулез; ШЛУ, широко лекарственно устойчивый.

Сноски

1. https://github.com/JayshreeAdvani/categoriseSNVs

Список литературы

Ахмад, С., Мокаддас, Э., Аль-Мутаири, Н., Элдин, Х. С., и Мохаммади, С. (2016). Несоответствие фенотипических и молекулярных методов тестирования лекарственной чувствительности изолятов Mycobacterium tuberculosis , устойчивых к лекарствам, в стране с низкой заболеваемостью туберкулезом. PLoS One 11: e0153563. DOI: 10.1371 / journal.pone.0153563

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Ахмед Н., Этешам Н. З. и Хаснаин С. Э. (2009). Наследственные генотипы Mycobacterium tuberculosis в Индии: значение для программ борьбы с туберкулезом. Заражение. Genet. Evol. 9, 142–146. DOI: 10.1016 / j.meegid.2008.10.001

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Андрис, К., Верхассельт, П., Гиллемон, Дж., Гольманн, Х. В., Нифс, Дж. М., Винклер, Х. и др. (2005). Диарилхинолиновый препарат, активный в отношении АТФ-синтазы Mycobacterium tuberculosis . Наука 307, 223–227. DOI: 10.1126 / science.1106753

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Андрис, К., Villellas, C., Coeck, N., Thys, K., Gevers, T., Vranckx, L., et al. (2014). Приобретена устойчивость Mycobacterium tuberculosis к бедаквилину. PLoS One 9: e102135. DOI: 10.1371 / journal.pone.0102135

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Аперс, Л., Муцвангва, Дж., Магвензи, Дж., Чигара, Н., Баттерворт, А., Мейсон, П. и др. (2003). Сравнение прямой микроскопии, метода концентрации и пробирки с индикатором роста микобактерий для исследования мокроты на кислотоустойчивые бациллы. Внутр. J. Tuberc. Lung Dis. 7, 376–381.

PubMed Аннотация | Google Scholar

Бану С., Рахман С. М., Хан М. С., Фердоус С. С., Ахмед С., Грац Дж. И др. (2014). Несоответствие между несколькими методами тестирования лекарственной чувствительности изолятов Mycobacterium tuberculosis в одной лаборатории. J. Clin. Microbiol. 52, 156–163. DOI: 10.1128 / JCM.02378-13

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Боррелл, С., и Gagneux, S. (2011). Разнообразие штаммов, эпистаз и эволюция лекарственной устойчивости у Mycobacterium tuberculosis . Clin. Microbiol. Заразить. 17, 815–820. DOI: 10.1111 / j.1469-0691.2011.03556.x

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Канетти Г., Фокс В., Хоменко А., Малер Х. Т., Менон Н. К., Митчисон Д. А. и др. (1969). Достижения в методах тестирования чувствительности к микобактериальным препаратам и использованию тестов на чувствительность в программах борьбы с туберкулезом. Bull. Всемирный орган здравоохранения. 41, 21–43.

PubMed Аннотация | Google Scholar

Казали Н., Николаевский В., Балабанова Ю., Харрис С. Р., Игнатьева О., Концевая И. и др. (2014). Эволюция и передача лекарственно-устойчивого туберкулеза среди населения России. Нат. Genet. 46, 279–286. DOI: 10,1038 / нг.2878

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Чаттерджи, А., Нилгиривала, К., Саранатх, Д., Родригес, К., и Мистри, Н. (2017). Полногеномное секвенирование клинических штаммов Mycobacterium tuberculosis из Мумбаи, Индия: потенциальный инструмент для определения лекарственной устойчивости и происхождения штамма. Туберкулез 107, 63–72. DOI: 10.1016 / j.tube.2017.08.002

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Черняева Е.Н., Шульгина М.В., Роткевич М.С., Добрынин П.В., Симонов С.А., Шитиков Е.А. и др. (2014). Полногеномная база данных вариаций Mycobacterium tuberculosis (GMTV): новый инструмент для интеграции вариаций последовательностей и эпидемиологии. BMC Genomics 15: 308. DOI: 10.1186 / 1471-2164-15-308

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Коул, С. Т., Брош, Р., Паркхилл, Дж., Гарнье, Т., Черчер, К., Харрис, Д. и др. (1998). Расшифровка биологии Mycobacterium tuberculosis из полной последовательности генома. Природа 393, 537–544. DOI: 10.1038 / 31159

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Данечек П., Аутон А., Abecasis, G., Albers, C.A., Banks, E., Depristo, M.A., et al. (2011). Вариант формата вызова и VCFtools. Биоинформатика 27, 2156–2158. DOI: 10.1093 / биоинформатика / btr330

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Девасия, Р., Блэкман, А., Иден, С., Ли, Х., Марури, Ф., Шинтани, А. и др. (2012). Высокая доля устойчивых к фторхинолонам изолятов Mycobacterium tuberculosis с новым полиморфизмом гиразы и участком gyrA, связанным с чувствительностью к фторхинолонам. J. Clin. Microbiol. 50, 1390–1396. DOI: 10.1128 / JCM.05286-11

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Девасия, Р. А., Блэкман, А., Гебрецадик, Т., Гриффин, М., Шинтани, А., Мэй, К. и др. (2009). Устойчивость к фторхинолонам у Mycobacterium tuberculosis : влияние продолжительности и времени воздействия фторхинолона. Am. J. Respir. Крит. Care Med. 180, 365–370. DOI: 10.1164 / rccm.200901-0146OC

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Доменек, П., Хименес, М.С., Менендес, М.С., Булл, Т.Дж., Сампер, С., Манрике, А. и др. (1997). Mycobacterium mageritense sp. ноя Внутр. J. Syst. Бактериол. 47, 535–540. DOI: 10.1099 / 00207713-47-2-535

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Фуско да Коста, А. Р., Фалькинхам, Дж. О. III, Лопес, М. Л., Барретто, А. Р., Фелисио, Дж. С., Сейлз, Л. Х. и др. (2013). Возникновение нетуберкулезной микобактериальной инфекции легких в эндемичной зоне туберкулеза. PLoS Negl. Троп. Дис. 7: e2340. DOI: 10.1371 / journal.pntd.0002340

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Ганье С. и Смолл П. М. (2007). Глобальная филогеография Mycobacterium tuberculosis и значение для разработки противотуберкулезных препаратов. Lancet Infect. Дис. 7, 328–337. DOI: 10.1016 / S1473-3099 (07) 70108-1

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Global Tuberculosis Who Report.(2018). ВОЗ. Global Tuberculosis Report 2018. Женева: Всемирная организация здравоохранения.

Гопинатх, К., и Сингх, С. (2009). Мультиплексный ПЦР-анализ для одновременного обнаружения и дифференциации Mycobacterium tuberculosis , комплексов Mycobacterium avium и других видов микобактерий непосредственно из клинических образцов. J. Appl. Microbiol. 107, 425–435. DOI: 10.1111 / j.1365-2672.2009.04218.x

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Гопинатх, К.и Сингх С. (2010). Нетуберкулезные микобактерии в странах, эндемичных по туберкулезу: игнорируем ли мы опасность? PLoS Negl. Троп. Дис. 4: e615. DOI: 10.1371 / journal.pntd.0000615

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Gutierrez, M.C., Ahmed, N., Willery, E., Narayanan, S., Hasnain, S.E., Chauhan, D.S, et al. (2006). Преобладание предковых линий Mycobacterium tuberculosis в Индии. Emerg. Заразить. Дис. 12, 1367–1374.DOI: 10.3201 / eid1209.050017

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Huitric, E., Verhasselt, P., Koul, A., Andries, K., Hoffner, S., and Andersson, D. I. (2010). Скорость и механизмы развития резистентности Mycobacterium tuberculosis к новому ингибитору диарилхинолиновой АТФ-синтазы. Антимикробный. Агенты Chemother. 54, 1022–1028. DOI: 10.1128 / AAC.01611-09

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Иоергер, Т.R., O’malley, T., Liao, R., Guinn, K.M., Hickey, M.J., Mohaideen, N., et al. (2013). Выявление новых лекарственных мишеней и механизмов устойчивости у Mycobacterium tuberculosis . PLoS One 8: e75245. DOI: 10.1371 / journal.pone.0075245

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Исмаил, Н.А., Омар, С.В., Джозеф, Л., Говендер, Н., Блоуз, Л., Исмаил, Ф. и др. (2018). Определение чувствительности к бедаквилину, резистентности, перекрестной резистентности и связанных генетических детерминант: ретроспективное когортное исследование. EBioMedicine 28, 136–142. DOI: 10.1016 / j.ebiom.2018.01.005

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Кокс, Л. Ф., Ван Леувен, Дж., Книжпер, С., Янсен, Х. М., и Колк, А. Х. (1995). ПЦР-анализ на основе ДНК, кодирующей 16S рРНК, для обнаружения и идентификации микобактерий в клинических образцах. J. Clin. Microbiol. 33, 3225–3233.

Google Scholar

Лауренсо Д. и Муса С. А. (2011). Механизмы лекарственной устойчивости Mycobacterium tuberculosis и современное состояние экспресс-молекулярной диагностики. Acta Trop. 119, 5–10. DOI: 10.1016 / j.actatropica.2011.04.008

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Ли, Дж., Гао, X., Луо, Т., Ву, Дж., Сун, Г., Лю, К. и др. (2014). Связь мутаций gyrA / B и уровней устойчивости к фторхинолонам в клинических изолятах Mycobacterium tuberculosis . Emerg. Микробы заражают. 3: e19. DOI: 10.1038 / emi.2014.21

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Лоу, Д.Э. (2009). Фторхинолоны для лечения внебольничной пневмонии и туберкулеза: перспективы развития резистентности. Clin. Заразить. Дис. 48, 1361–1363. DOI: 10.1086 / 598197

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Мандин, П., Репоила, Ф., Вергассола, М., Гейссманн, Т., и Коссарт, П. (2007). Идентификация новых некодирующих РНК в Listeria monocytogenes и прогнозирование мишеней мРНК. Nucleic Acids Res. 35, 962–974.DOI: 10.1093 / nar / gkl1096

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Мэнсон, А. Л., Абил, Т., Галаган, Дж. Э., Сундарамурти, Дж. К., Салазар, А., Герман, Т., и др. (2017a). Mycobacterium tuberculosis полногеномные последовательности из южной Индии предполагают новые механизмы устойчивости и необходимость регионально-специфической диагностики. Clin. Заразить. Дис. 64, 1494–1501. DOI: 10.1093 / cid / cix169

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Мэнсон, А.Л., Коэн, К. А., Абель, Т., Дежарден, К. А., Армстронг, Д. Т., Барри, К. Э. и др. (2017b). Геномный анализ глобально разнообразных штаммов Mycobacterium tuberculosis дает представление о возникновении и распространении множественной лекарственной устойчивости. Нат. Genet. 49, 395–402. DOI: 10,1038 / нг.3767

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Марури, Ф., Стерлинг, Т. Р., Кайга, А. В., Блэкман, А., Ван Дер Хейден, Ю. Ф., Майер, К. и др. (2012).Систематический обзор гиразных мутаций, связанных с устойчивостью к фторхинолонам Mycobacterium tuberculosis и предлагаемой системой нумерации гиразы. J. Antimicrob. Chemother. 67, 819–831. DOI: 10.1093 / jac / dkr566

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Милано А., Паска М. Р., Провведи Р., Лукарелли А. П., Манина Г., Рибейро А. Л. и др. (2009). Устойчивость к азолам у Mycobacterium tuberculosis опосредуется системой оттока MmpS5-MmpL5. Туберкулез 89, 84–90. DOI: 10.1016 / j.tube.2008.08.003

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Моадеби, С., Хардер, К. К., Фицджеральд, М. Дж., Элвуд, К. Р., и Марра, Ф. (2007). Фторхинолоны для лечения туберкулеза легких. Наркотики 67, 2077–2099. DOI: 10.2165 / 00003495-200767140-00007

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Монтессори, В., Филлипс, П., Монтанер, Дж., Хейли, Л., Craib, K., Bessuille, E., et al. (1996). Распределение видов при микобактериальных инфекциях, связанных с вирусом иммунодефицита человека: значение для выбора начального лечения. Clin. Заразить. Дис. 22, 989–992. DOI: 10.1093 / Clinids / 22.6.989

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Накамура, Т., Ямада, К. Д., Томии, К., и Катох, К. (2018). Распараллеливание MAFFT для крупномасштабного множественного выравнивания последовательностей. Биоинформатика 34, 2490–2492.DOI: 10.1093 / биоинформатика / bty121

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Нгуен, Л. Т., Шмидт, Х. А., Фон Хезелер, А., и Мин, Б. К. (2015). IQ-TREE: быстрый и эффективный стохастический алгоритм для оценки филогении максимального правдоподобия. Мол. Биол. Evol. 32, 268–274. DOI: 10.1093 / molbev / msu300

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Нгуен, Т.В.А., Энтони, Р.М., Банулс, А.Л., Ву, Д.Х., Альфенаар Дж. К. (2017). Устойчивость к бедаквилину: возникновение, механизм и профилактика. Clin. Заразить. Дис. 66, 1625–1630. DOI: 10.1093 / cid / cix992

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Ниманн, С., Рихтер, Э., Руш-Гердес, С., Шлаак, М., и Грейнерт, У. (2000). Двойное инфицирование устойчивым и мультирезистентным штаммом Mycobacterium tuberculosis . Emerg. Заразить. Дис. 6, 548–551. DOI: 10.3201 / eid0605.000518

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Николаевский В., Кранцер К., Ниманн С., Дробневски Ф. (2016). Секвенирование полного генома Mycobacterium tuberculosis для выявления недавней передачи и отслеживания вспышек: систематический обзор. Туберкулез 98, 77–85. DOI: 10.1016 / j.tube.2016.02.009

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Нисиучи Ю., Ивамото Т., и Маруяма, Ф. (2017). Источники заражения распространенным нетуберкулезным микобактериальным возбудителем, комплексом Mycobacterium avium. Фронт. Med. 4:27. DOI: 10.3389 / fmed.2017.00027

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Перес, Р. Л., Масиэль, Э. Л., Мораис, К. Г., Рибейро, Ф. К., Виньяс, С. А., Пиньейро, К. и др. (2009). Сравнение двух концентраций NALC-NaOH для обеззараживания мокроты на микобактериальную культуру. Внутр. J. Tuberc. Lung Dis. 13, 1572–1575.

PubMed Аннотация | Google Scholar

Purwar, S., Chaudhari, S., Katoch, V.M., Sampath, A., Sharma, P., Upadhyay, P., et al. (2011). Определение паттернов лекарственной чувствительности и генотипов изолятов Mycobacterium tuberculosis из района Канпур, Северная Индия. Заражение. Genet. Evol. 11, 469–475. DOI: 10.1016 / j.meegid.2010.12.010

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Ригоутс, Л., Gumusboga, M., De Rijk, W. B., Nduwamahoro, E., Uwizeye, C., De Jong, B., et al. (2013). Устойчивость к рифампину пропущена в автоматизированной системе жидких культур для изолятов Mycobacterium tuberculosis со специфическими мутациями rpoB. J. Clin. Microbiol. 51, 2641–2645. DOI: 10.1128 / JCM.02741-12

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Руфаи, С. Б., Кумар, П., Сингх, А., Праджапати, С., Балуни, В., и Сингх, С. (2014). Сравнение Xpert MTB / RIF с анализом линейного зонда для обнаружения монорезистентного к рифампину Mycobacterium tuberculosis . J. Clin. Microbiol. 52, 1846–1852. DOI: 10.1128 / JCM.03005-13

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Сингх М., Чаухан Д. С., Гупта П., Дас Р., Шривастава Р. К., Упадхьяй П. и др. (2009). Эффект in vitro фторхинолонов против изолятов Mycobacterium tuberculosis из регионов Агра и Канпур на севере Индии. Indian J. Med. Res. 129, 542–547.

PubMed Аннотация | Google Scholar

Шпионы, Ф.С., Рибейро, А. В., Рамос, Д. Ф., Рибейро, М. О., Мартин, А., Паломино, Дж. К. и др. (2011). Устойчивость к стрептомицину и клоноспецифические полиморфизмы в гене Mycobacterium tuberculosis gidB. J. Clin. Microbiol. 49, 2625–2630. DOI: 10.1128 / JCM.00168-11

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Штайнер А., Штуки Д., Косколла М., Боррелл С. и Гагнё С. (2014). KvarQ: целевой и прямой вызов вариантов из fastq-считываний бактериальных геномов. BMC Genomics 15: 881. DOI: 10.1186 / 1471-2164-15-881

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Стейнгарт, К. Р., Нг, В., Генри, М., Хопуэлл, П. К., Рамзи, А., Каннингем, Дж. И др. (2006). Методы обработки мокроты для повышения чувствительности микроскопии мазка на туберкулез: систематический обзор. Lancet Infect. Дис. 6, 664–674. DOI: 10.1016 / S1473-3099 (06) 70602-8

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Вс, Ю.Дж., Луо, Дж. Т., Вонг, С. Ю. и Ли, А. С. (2010). Анализ мутаций rpsL и rrs в изолятах Mycobacterium tuberculosis из Сингапура, устойчивых к стрептомицину и не являющихся Пекином. Clin. Microbiol. Заразить. 16, 287–289. DOI: 10.1111 / j.1469-0691.2009.02800.x

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Telenti, A., Imboden, P., Marchesi, F., Lowrie, D., Cole, S., Colston, M.J., et al. (1993). Обнаружение мутаций устойчивости к рифампицину у Mycobacterium tuberculosis . Ланцет 341, 647–650. DOI: 10.1016 / 0140-6736 (93)

-F

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Такур К., Кумар В. и Гупта А. К. (2015). Выявление характера мутаций устойчивых к лекарствам изолятов Mycobacterium tuberculosis в штате Химачал-Прадеш с использованием анализа GenoType ((R)) MTBDRplus. Indian J. Med. Microbiol. 33, 547–553. DOI: 10.4103 / 0255-0857.167336

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Тайзен, А., Reichel, C., Rusch-Gerdes, S., Haas, W.H., Rockstroh, J.K., Spengler, U., et al. (1995). Инфицирование смешанным штаммом лекарственно-чувствительным и мультирезистентным штаммом Mycobacterium tuberculosis . Ланцет 345: 1512. DOI: 10.1016 / S0140-6736 (95) -5

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Тирумуруган, Р., Катирвел, М., Валлайячари, К., Сурендар, К., Самрот, А. В., и Мутаия, М. (2015). Молекулярный анализ мутаций гена rpoB в изолятах Mycobacterium tuberculosis , устойчивых к рифампицину, с помощью множественной аллель-специфической полимеразной цепной реакции в Пудучерри, Южная Индия. J. Infect. Общественное здравоохранение 8, 619–625. DOI: 10.1016 / j.jiph.2015.05.003

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Тибери С., Дю Плесси Н., Вальцл Г., Вжеча М. Дж., Рао М., Нтуми Ф. и др. (2018). Туберкулез: прогресс и достижения в разработке новых лекарств, схем лечения и методов лечения, ориентированных на хозяина. Lancet Infect. Дис. 18, e183 – e198. DOI: 10.1016 / S1473-3099 (18) 30110-5

CrossRef Полный текст | Google Scholar

ван Ри, А., Виктор, Т. К., Ричардсон, М., Джонсон, Р., Ван Дер Спай, Г. Д., Мюррей, Э. Дж. И др. (2005). Реинфекция и смешанная инфекция вызывают изменение паттернов лекарственной устойчивости Mycobacterium tuberculosis . Am. J. Respir. Крит. Care Med. 172, 636–642. DOI: 10.1164 / rccm.200503-449OC

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

van Soolingen, D., Hermans, P. W., De Haas, P. E., Soll, D. R., and Van Embden, J. D. (1991). Возникновение и стабильность последовательностей вставок в комплексных штаммах Mycobacterium tuberculosis : оценка полиморфизма ДНК, зависимого от последовательности вставки, как инструмент в эпидемиологии туберкулеза. J. Clin. Microbiol. 29, 2578–2586.

PubMed Аннотация | Google Scholar

Везирис, Н., Бернар, К., Гульельметти, Л., Ле Ду, Д., Мариго-Ауттанди, Д., Жаспар, М., и др. (2017). Быстрое появление Mycobacterium tuberculosis устойчивости к бедаквилину: уроки, позволяющие избежать повторения ошибок прошлого. Eur. Респир. J. 49: 1601719. DOI: 10.1183 / 13993003.01719-2016

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Фон Гролль, А., Martin, A., Jureen, P., Hoffner, S., Vandamme, P., Portaels, F., et al. (2009). Устойчивость к фторхинолонам в Mycobacterium tuberculosis и мутации в gyrA и gyrB. Антимикробный. Агенты Chemother. 53, 4498–4500. DOI: 10.1128 / AAC.00287-09

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Уокер, Т. М., Коль, Т. А., Омар, С. В., Хедж, Дж., Дель Оджо, Элиас, К., Брэдли, П. и др. (2015). Полногеномное секвенирование для прогнозирования лекарственной чувствительности и устойчивости Mycobacterium tuberculosis : ретроспективное когортное исследование. Lancet Infect. Дис. 15, 1193–1202. DOI: 10.1016 / S1473-3099 (15) 00062-6

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Уоллес, Р. Дж. Мл., Браун-Эллиотт, Б. А., Холл, Л., Робертс, Г., Уилсон, Р., У. М. Манн, Л. Б. и др. (2002). Клинические и лабораторные особенности Mycobacterium mageritense . J. Clin. Microbiol. 40, 2930–2935. DOI: 10.1128 / JCM.40.8.2930-2935.2002

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Вонг, С.Ю., Ли, Дж. С., Квак, Х. К., Виа, Л. Е., Бошофф, Х. И., Барри, К. Е. III и др. (2011). Мутации в gidB придают низкий уровень устойчивости к стрептомицину у Mycobacterium tuberculosis . Антимикробный. Агенты Chemother. 55, 2515–2522. DOI: 10.1128 / AAC.01814-10

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Е. К., Шульц М. Х., Лонг К., Апвейлер Р. и Нинг З. (2009). Пиндел: подход роста паттернов для обнаружения точек разрыва больших делеций и вставок среднего размера из парных коротких чтений. Биоинформатика 25, 2865–2871. DOI: 10.1093 / биоинформатика / btp394

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Zhang, H., Li, D., Zhao, L., Fleming, J., Lin, N., Wang, T., et al. (2013). Секвенирование генома 161 изолятов Mycobacterium tuberculosis из Китая позволяет идентифицировать гены и межгенные области, связанные с лекарственной устойчивостью. Нат. Genet. 45, 1255–1260. DOI: 10,1038 / нг. 2735

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Зумла, А., Мемиш, З.А., Маурер, М., Бейтс, М., Мваба, П., Аль-Тауфик, Дж. А. и др. (2014). Возникающие новые и устойчивые к противомикробным препаратам инфекции дыхательных путей: разработка новых лекарств и терапевтические возможности. Lancet Infect. Дис. 14, 1136–1149. DOI: 10.1016 / S1473-3099 (14) 70828-X

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

мутаций РНК-полимеразы вызывают устойчивость к цефалоспорину у клинических изолятов Neisseria gonorrhoeae

Существенные изменения:

1) Внесли ли авторы мутации rpoB или rpoD в изогенные штаммы, которые отличаются только наличием гена ponA дикого типа или мутантного? Мне кажется, что все клинические изоляты имеют мутацию ponA.На самом деле вопрос заключается в том, должен ли штамм-хозяин иметь мутантный ponA или просто избыточная экспрессия ponA, достаточная для резистентности, управляемой rpoB / D. То же самое верно и для мутации mtrR, поскольку потеря активности MtrR может влиять на транскрипцию ponA, а мутации rpoB / D могут компенсировать.

Мы обновили рукопись для решения этих вопросов. Во-первых, что касается PonA: наши эксперименты по трансформации показали, что вариант PBP1 L421P не требуется для RNAP-опосредованного CRO ^RS .Среди панели изолятов, которые были успешно трансформированы в фенотип CRO ^RS через rpoB1 , три изолята – GCGS0275, GCGS0465 и GCGS0524 – лишены этого варианта ponA . Эта информация доступна в новом дополнительном файле 2 и обсуждается в разделе расширенного преобразования, который был включен в ответ на пункт 9 (ниже). Хотя мы не создали пару изогенных штаммов для непосредственного определения эффектов мутации PBP1 L421P, мы полагаем, что приведенные выше данные подтверждают, что этот вариант не требуется.

Во-вторых, что касается MtrR: аналогично PonA, вариантный аллель mtrR , который присутствует в родительских изолятах CRO ^RS GCGS1013, GCGS1014, GCGS1095 и GCGS0364, не требуется для RNAP-опосредованного снижения чувствительности к CRO. Несколько аллелей mtrR представлены в панели изолятов, которые были успешно трансформированы rpoB1 , включая аллель дикого типа в изоляте GCGS0275. Эта информация включена в дополнительный файл 2.

2) Авторы указывают, что мутации rpoB / rpoD не приводят к дефектам роста. Использованной методологии и описанию трудно следовать в том виде, в каком они написаны. Выполняли ли они эксперимент по конкурентному выращиванию, в котором родительские штаммы и трансформанты совместно культивировали в бульоне, а затем отбирали пробы с течением времени, чтобы различить два штамма? В любом случае было бы хорошо представить стандартную кривую роста со значениями OD и КОЕ / мл.

В предварительных экспериментах с кривой роста мы обнаружили, что отслеживание роста культур, растущих в жидких средах GCP с добавлением 1% IsoVitaleX и 0.Измерения 042% NaHCO ₃ по OD ₆₀₀ не показали тех же зависимых от времени тенденций, как отслеживание роста этих культур путем разведения и посева на чашки. Подобные результаты сообщались ранее, как показано на рисунке 1 Винсента и др. (2018, mBio, e01905-17).

Для полноты картины мы провели предложенный эксперимент. Вкратце, жидкие культуры GCGS0457 и его трансформантов CRO ^RS GCGS0457 rpoD1 и GCGS0457 rpoB1 засевали в GCP с добавлением 1% IsoVitaleX и 0.042% NaHCO ₃ при начальной плотности приблизительно OD ₆₀₀ = 0,1. Плотность культуры контролировали спектрометрией и посевом разведения каждые 2 часа. Здесь мы показываем среднее значение и стандартное отклонение 3 технических повторений; данные представляют 2 независимых эксперимента.

Цель этой кривой роста в нашей работе не состоит в том, чтобы доказать, что мутации RNAP не влияют на приспособленность; действительно, учитывая широкие отклонения, которые мы наблюдаем в данных транскрипции, мы считаем вероятным, что эти мутанты RNAP могут иметь серьезные недостатки роста во многих физиологически значимых условиях.Вместо этого мы хотели определить, может ли фенотип с повышенным МИК, который мы наблюдаем в тесте на чувствительность к противомикробным препаратам, о котором мы здесь сообщаем, быть связан с фенотипом медленного роста. Поэтому мы измерили рост наших представляющих интерес штаммов, когда они росли на чашках с агаром GCB, поскольку это были условия роста, в которых проводились измерения MIC, и, следовательно, условие, наиболее подходящее для определения того, как различия в скорости роста могут повлиять на результаты анализ MIC.

3) Если известно, укажите частоту спонтанных мутаций для мутаций rpoB / rpoD в отношении устойчивости к цефтриксону.Я спрашиваю об этом, потому что в одном случае спонтанные мутанты в экспериментах по трансформации не были получены (хотя количество бактерий могло быть слишком низким для обнаружения). Во втором случае были получены спонтанно устойчивые мутанты.

Мы не измеряли частоту спонтанной мутации RNAP CRO ^RS . Весь отбор на de novo или трансформированные мутанты РНКП CRO ^RS в этой работе проводили путем высева бактериальных суспензий на чашку, содержащую концентрированное пятно CRO, и выявления колоний, растущих в зоне ингибирования.Этот метод улучшает восстановление мутантов CRO ^RS , которые часто появляются близко к границе зоны ингибирования; мы обнаружили, что эффективность посева штаммов CRO ^RS даже при умеренных концентрациях CRO является низкой, что, возможно, объясняет эту закономерность. Однако, поскольку этот метод не позволяет надежно определить количество КОЕ CRO ^RS по всей поверхности планшета, он несовместим с традиционными методами измерения скорости мутаций или трансформации.

4) Заявление об изменении структуры пептидогликана в присутствии мутаций RNAP кажется слабым в отсутствие статистического анализа пиков (рис. 5), поэтому есть опасения по поводу строгости этих конкретных экспериментов. Меняется только количество пентапептидов, а разница вдвое. Считается, что представленные данные являются репрезентативными для трех независимых экспериментов, и поэтому можно легко получить ошибки для численности видов PG.

Мы ценим эту возможность представить аргументы более убедительно, и теперь мы включили статистическую информацию на рис. 5, а также данные отдельных экспериментов на рис. 5 – исходные данные 1.

5) Есть некоторые расхождения между таблицей 1 и описанными письменными результатами. Подраздел «Одна миссенс-мутация в rpoB является генетической основой снижения чувствительности к цефтриаксону в клиническом изоляте GCGS1095», последний абзац. МИК трансформанта GCGS0457 RpoB ^R201H не была аналогична МИК родительского штамма GCGS1095 – она ​​была в 2 раза меньше. Сколько раз повторялись МПК и какие наблюдались различия? Все ли МПК проводились с использованием одного и того же метода или одни штаммы тестировались с помощью разведения в агаре, а другие – с помощью Etest? Я согласен с тем, что преобразование привело к очень высокому уровню CRO MIC, но описания должны быть точными.

В целом, двукратная вариация в определении МИК рассматривается в пределах технических вариаций, особенно когда тестирование МИК проводится путем разведения в агаре, которое определяет МИК только с точностью до ближайшего двойного разведения. Язык этого раздела был выбран с учетом этого.

В исходной рукописи указанные МПК представляли собой смесь МПК, определенных разбавлением в агаре, Etest и разведением в агаре из исходного отчета GISP Центров по контролю и профилактике заболеваний (см. Grad et al., 2016). Мы благодарим рецензентов за их предложение улучшить ясность этого раздела. Для согласованности мы теперь показываем данные MIC, которые были собраны либо только с помощью Etest, либо только путем разведения в агаре, в зависимости от тестируемого препарата (см. «Материалы и методы», подраздел «Штаммы бактерий и условия культивирования»). Это потребовало дополнительного тестирования MIC для замены некоторых значений MIC, которые ранее были определены разведением в агаре, новыми значениями MIC, определенными с помощью Etest. Значения MIC в таблицах 1 и 2 и дополнительном файле 2 были изменены, чтобы отразить эти более свежие данные Etest, которые качественно не меняют ни одну из интерпретаций нашей статьи, но позволяют определять MIC с более высоким разрешением, чем при разведении в агаре.

6) В письменном тексте указано, что «GCGS0457 RpoD ^E98K имеет CRO MIC 0,125», а в таблице 1 указано значение MIC 0,25. Это не похоже на родительский штамм.

Это несоответствие было ошибкой, возникшей из-за сообщения результатов различных повторных экспериментов в этих двух местах (см. Пункт 5 выше). Теперь мы сообщаем о переделанных результатах Etest как в тексте, так и в таблицах 1 и 2.

7) Рис. 1. Было бы полезно лучше описать базу данных, используемую для создания этого дерева.Возможно, это можно было бы включить в раздел «Материалы и методы». Дерево следует увеличить для наглядности, включая вставку. Точки на филогенетическом дереве вставки должны быть связаны с соответствующими номерами штаммов для облегчения интерпретации. Сколько изолятов GISP включает в себя это дерево? В третьем абзаце подраздела «Мутации РНК-полимеразы, объясняющие CRO ^RS 105 в других клинических изолятах» упоминается 1102 генома; это можно было бы включить в рисунок и в лучшее описание базы данных GISP в разделе «Материалы и методы».

Рисунок 1 был увеличен, и мы добавили дополнительные аннотации.

Эта филогения включает 1102 генома из проекта GISP (Grad et al., 2016), а также изолят GCPh54, идентифицированный из отчета De Silva et al., 2016. Легенда к рисунку была обновлена, чтобы включить эту информацию. Метаданные для изолятов в коллекции штаммов GISP доступны в справочнике Grad et al., 2016; раздел «Материалы и методы» был изменен, чтобы прояснить это.

8) Дополнительный файл 1 следует переформатировать, чтобы идентифицировать варианты, возможно, выделив их жирным шрифтом, раскрасив или разделив варианты, чтобы различать их.

Варианты в этом файле, Дополнительный файл 1, выделены жирным шрифтом для подчеркивания. Также отметим, что при открытии в Excel этот файл можно сортировать по варианту гена.

9) Раздел клинических изолятов из нескольких линий. Нет информации о том, какие изоляты были трансформированы – панель из 17 должна быть названа (раздел «Материалы и методы») и точно описана процедура трансформации – был ли продукт ПЦР использован для трансформации? Действительно ли одноразовая процедура трансформации (подраздел «Клинические изоляты из нескольких клонов могут достичь высокого уровня CRO ^RS за счет изменения одного нуклеотида в rpoB», последний абзац) свидетельствует о неудачной трансформации? Эти описания весьма неполны, и их можно описать кратко, но лаконично.Предположительно, некоторые из этих штаммов показаны на рисунке 1, хотя рисунок трудно читать.

Мы расширили описание этого эксперимента в тексте, перечислили 17 изолятов, использованных для этой панели, в разделе «Материалы и методы», включили 5 успешных изолятов на Рисунке 1 и добавили таблицу (дополнительный файл 2), в которой приведены более подробные сведения о эти изоляты.

Мы согласны с тем, что ни один неудачный эксперимент по трансформации в какой-либо конкретный клинический изолят не является убедительным доказательством генетической несовместимости, и мы обновили текст, чтобы отразить это.

10) Могло ли быть так, что мутанты могли иметь длительную выживаемость в стационарной фазе (рис. 3)?

Данные кривой роста на Рисунке 3 предполагают, что эти штаммы могли иметь измененные фенотипы роста или выживания в стационарной фазе, и мы с нетерпением ждем возможности изучить эту возможность в последующей работе, чтобы более тщательно охарактеризовать эффекты RNAP, ассоциированного с CRO ^RS мутация по бактериальной физиологии. Поскольку цель эксперимента с кривой роста в контексте этого исследования состояла в том, чтобы исключить медленный рост как объяснение повышенного роста мутантов RNAP на чашках с МИК цефтриаксона, мы не фокусировались на части стационарной фазы нашей кривой роста, поскольку различия в выживаемости на этом этапе, вероятно, не повлияет на интерпретацию MIC.

11) Авторы указывают, что транскрипция mtrCDE не была повышенной. По-видимому, транскрипция равномерно снижалась у мутантных штаммов. Существенно ли это снижение? Что означают / означают эти результаты?

Это снижение значимо для mtrC и mtrE , а также для mtrD во всех случаях, за исключением сравнения трансформанта GCGS0457 rpoB1 с GCGS0457, в котором это снижение не соответствовало пороговому значению (Benjamini -Хохберг скорректировал значение p 0.06 для этого сравнения). Интересно, что снижение транскрипции через оперон mtrCDE , которое мы наблюдаем, происходит в присутствии аналогичного снижения транскрипции репрессора mtrR ; изменение, которое мы видим в регуляторе mtr , не согласовано. Возможно, это свидетельствует об общем нарушении или нарушении регуляции транскрипции в целом у мутантов RNAP. В контексте RNAP-опосредованного CRO ^RS очевидное снижение транскрипции mtrCDE в мутантах RNAP является доказательством того, что сопутствующий фенотип CRO ^RS не является следствием повышенного оттока лекарственного средства через насос Mtr.